学习笔记Day1：R及Rstudio基础

R语言与Rstudio

R语言：一个统计学软件， 作为工具使用。
Rstudio：一个集成控制平台，让R更好看的图形界面。
核心：用函数处理数据，遇到一个需求时思考两步：1.使用什么R包，2.输入什么格式的数据。

管理R语言项目

使用R project

• 新建R project：File–New project–保存至工作目录（工作目录中只有一个就够了）
• 新建R script（脚本）（不同功能可以分成不同脚本保存）
  
  Tips：R语言中绘图1.展示在右下角plots中；2.输出到某一文件中。

工作目录

• R project所在位置为工作目录（working directory），为脚本、图片、文件的默认保存位置，也是读取文件的默认位置。
• R project也可以复制粘贴至指定工作目录，用这种方法对工作目录进行管理。
• 查看工作目录 getwd()。
• 选择上一级文件夹使用../。

万能的Tab

• Tab可以补全文件名字，../后也可以使用Tab。
• 上下键可以翻找历史代码

更改Rstudio界面

Tools→ Global Options→ Appearance

与R语言交互

用户：发送命令；R：执行并返回结果。
窗口→交互式会话（session） session中restart R可以重启

交互方式

1. 控制台窗口，键入命令后回车直接显示每个命令的结果。
   函数后接括号，括号前为函数（function）

abs(-3)          #abs为函数

2. 运行脚本，可逐行代码运行或选中运行多行代码，运行快捷键为Ctrl+Enter。保存脚本时自动加入.R的后缀，脚本名字中尽量不含有.
   使用#对代码进行注释，#后接的内容不会运行

R语言的返回结果

1. 输出结果

> 3+5
[1] 8

heatmap(volcano)

2. 报错 Error

• eg找不到对象：检查环境后重新运行

3. 警告 Warning

• 可以暂时先放过，后续未达到预期结果再检查

4. 无输出（“没反应”），成功运行

> a=3+5

5. 太长卡住不动（无>出现）

• 中止或重启

6. 命令不完整（提示+）

> getwd(
+

• 出现+可以补全或Esc退出

7. 出现提示信息

• 多见于library()R包时一些依赖包加载,无error可忽略

8. 进一步选择

• update all/some/none?[a/s/n]，回答即可。

处理报错是数据分析常态

• unexpected…：代码错误。
• could not find function：函数错误
• object ‘x’ not found：环境中无对象/引号问题
• 脚本加载后乱码的解决方法：File→ Reopen with encoding→UTF8→OK

TIPS：善用搜索引擎处理报错

引用自生信技能树——给小洁老师比心比心~