Materials Studio学习笔记（三）——有机物分子

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月只蓝的视频内容较为基础，适合初学者入门。

本文视频内容链接为： 【[月只蓝带你学Materials Studio] 建模篇 第2讲 分子模型绘制专题-哔哩哔哩】

1 有机物分子

有机物可以分为两类，一种是链状化合物，另一种是环状化合物。由之前的内容可以，有机物的绘制过程如下所示：

1. 先环后链画骨架。
2. 处理杂原子。
3. 处理双键、三键。
4. 加氢、Clean。
5. 检查核对。

1.1 绘制链状有机物

（1）十二烷

十二烷的分子式如下所示：

首先打开Materials Studio软件，首先绘制C原子骨架，选择C元素连接成12个C的骨架：

 因为元素没有双键，直接进行加氢：

之后点击Clean：

查看左下角的Properties：

（2） 

十二烷的分子式如下所示：

首先绘制C原子骨架，选择C元素绘制碳碳单键：

因为乙烯是碳碳双键，点击两个碳原子之间的键，将碳碳单键改为碳碳双键：

 将碳碳双键加氢：

再点击Clean为：

 查看左下角的Properties：

可以看到分子式为。

 （3）甘氨酸Gly 

甘氨酸的分子式为：

首先首先绘制C原子骨架，在这对于氧原子和氮原子首先将其化成C原子：

 因为分子中有氮原子，按Ctrl+鼠标左键，选择该原子：

因为将更换为N原子，点击上面选项栏中Modify选线栏中的Modify Element，再点击Nitrogen，这样就将C原子换为了N原子。同理，连续点击上图中右下角和最上面的碳原子，更换原子：

因为有碳氧双键，鼠标点击碳氧单键将其改为双键得：

 最后再将补氢得：

最后Clean：

最后检查最小角的分子式为：

（4） 棕榈酸（十六烷酸）

分子式如下所示：

首先首先绘制C原子骨架：

将需要变化的C变为O得：

加氢得：

最后Clean：

最后检查左下角的分子式为：

1.2 绘制环状有机物 

环状有机物包括脂肪环和苯环。

脂肪环下面的例子包括环己烷和环戊烷。

（1）环戊烷

环戊烷的分子式为：

下面开始绘制环戊烷，点击上方Sketch ring选项栏中的5 member：

点击之后如下结果：

加氢得：

（2）环己烷

环己烷的分子式为：

同理，对于环己烷， 点击上方Sketch ring选项栏中的6 member：

补氢：

而如果想要画碳原子数量大于6的环，可以直接电路Sketch ring中的任意一个，然后直接按键盘中的数字进行修改，需要注意的是键盘需要改为英文键盘，如下所示：

加氢得：

（4）下面用Materials Studio来绘制苯环。苯环有两个分子式，一种是凯库勒式，一种是共振式。

凯库勒式的分子式如下所示：

共振式的分子式为：

对于凯库勒式，点击Sketch ring选项中的6 member：

添加双键得：

加氢得：

而对于共振键，可以使用Materials Studio软件直接绘制，按住点击Sketch ring中的6 member，按住Alt，在界面中点击鼠标左键：

加氢得：

共振式和凯库勒式之间能够相互转换的，例如将共振式转换为凯库勒式，先选择整个分子式：

点击Build选项栏中的Bond键：

进入下面这个界面，如下所示：

Kekule式和Resonant分别表示的是凯库勒式和共振式，如果想要什么公式可以直接选择。在上面转换为凯库勒式如下所示：