PyMol关键词用法记录

        selection_sc = lambda sc=Shortcut,gn=get_names:sc(gn('public')+[
            'not ', 'and ', 'or ', 'first ', 'last ', 'in ', 'like ',

            'byobject ', 'bysegi ', 'bychain ', 'byres ', 'bycalpha ',
            'bymolecule ',

            'bound_to ', 'neighbor ', 'extend ', 'within ', 'around ',
            'expand ', 'gap ', 'near_to ', 'beyond ',

            'model ', 'chain ', 'segi ', 'resn ', 'resi ', 'name ', 'alt ', 'index ',
            'id ', 'rank ',

            'partial_charge ', 'formal_charge ', 'b ', 'q ', 'ss ', 'elem ',
            'rep ', 'color ', 'pepseq ',

            'all', 'enabled', 'visible', 'bonded', 'protected', 'masked',
            'organic', 'inorganic', 'solvent', 'polymer', 'guide', 'hetatm',
            'hydrogens', 'backbone', 'sidechain', 'metals', 'donors',
            'acceptors',
            'polymer.protein', 'polymer.nucleic',

            'center', 'origin',
        ])

• 'organic': 选择有机物残基
• 'inorganic': 选择无机物残基
• 'solvent': 选择溶剂分子
• 'polymer': 选择聚合物残基
• 'guide': 选择指导分子
• 'hetatm': 选择杂原子
• 'hydrogens': 选择氢原子
• 'backbone': 选择蛋白质骨架
• 'sidechain': 选择蛋白质侧链
• 'metals': 选择金属原子
• 'donors': 选择供体原子
• 'acceptors': 选择受体原子
• 'polymer.protein': 选择蛋白质聚合物残基
• 'polymer.nucleic': 选择核酸聚合物残基

这些词都可以作为pymol中的选择关键词使用，用于指定在pymol中的分子结构中的哪些原子应被选择。

• not：用于对其他选择关键词的结果进行取反。例如，'not backbone'将选择所有非脊柱原子。
• and：用于对两个选择关键词的结果进行交集。例如，'backbone and chain A'将选择脊柱和链A中的所有原子。
• or：用于对两个选择关键词的结果进行并集。例如，'backbone or chain A'将选择脊柱或链A中的所有原子。
• first：用于选择指定分子结构中第一个满足其他选择关键词条件的原子。例如，'first backbone'将选择指定分子结构中第一个脊柱原子。
• last：选择最后一个匹配的原子。例如，如果选择了所有的氧原子，那么使用last将选择最后一个

• not ' - 取反选择。例如，使用'not all'可以选择所有未被选择的原子。

  'and ' - 并集选择。例如，使用'chain A and resi 10'可以选择链A中编号为10的残基中的所有原子。

  'or ' - 并集选择。例如，使用'chain A or chain B'可以选择链A和链B中的所有原子。

  'first ' - 选择最前面的单位。例如，使用'first 5 resi'可以选择每个残基的前5个原子。

  'last ' - 选择最后的单位。例如，使用'last 5 resi'可以选择每个残基的后5个原子。

  'in ' - 选择某个对象内的所有原子。例如，使用'in obj01'可以选择对象obj01中的所有原子。

  'like ' - 选择与某个对象类似的所有对象中的所有原子。例如，使用'like obj01'可以选择与对象
   

  'not ', 'and ', 'or ': 这些是逻辑运算符，在选择残基时用于连接条件。

  'first ', 'last ': 这些是选择残基的条件，表示选择模型中的第一个或最后一个残基。

  'in ', 'like ': 这些是选择残基的条件，表示选择某些残基的子集。

  'byobject ', 'bysegi ', 'bychain ', 'byres ', 'bycalpha ': 这些是选择残基的条件，表示根据对象名称、序列标识、链名称、残基编号或残基名称来选择残基。

  'bymolecule ': 这是选择残基的条件，表示根据分子名称来选择残基。

  'bound_to ', 'neighbor ', 'extend ', 'within ', 'around ', 'expand ', 'gap ', 'near_to ', 'beyond ': 这些是选择残基的一些选择器，可以用来组合成更复杂的选择表达式。

• 'bound_to' 选择与某个残基结合的残基。
• 'neighbor' 选择与某个残基相邻的残基。
• 'extend' 选择与某个残基相连的链。
• 'within' 选择离某个残基距离小于某个值的残基。
• 'around' 选择离某个残基距离在某个范围内的残基。
• 'expand' 选择与某个残基相连的链，以及链上的相邻残基。
• 'gap' 选择与某个残基间距离大于某个值的残基。