PYMOL | 高频使用命令

• 将配体分子周围一定范围内的残基用棍状展示。<pro>表示蛋白名称，<lig>表示配体名称， <num>表示距离，用数字表示，单位：埃。

show sticks, byres <pro> within <num> of <lig>

• 将配体分子周围一定范围内的残基存储到新的obj,新的obj名称为pocket。<pro>表示蛋白名称，<lig>表示配体名称， <num>表示距离，用数字表示，单位：埃。

create pocket, byres <pro> within <num> of <lig>

• 找到一组原子的几何中心，并将中心用小球表示。前提需要将center_of_mass.py脚本文件复制到当前工作路径下，脚本百度一下就能找到。

import center_of_mass  #将脚本作为模块读入
#接着用鼠标选中目标的一组原子。
com sele,state=r1      #生成原子组中心球
set sphere_scale,0.15  #调整中心球的大小

• 将两个obj合并为一个obj(尤其适用于受体和配体分子合并)

create complex, obj1 obj2        #将obj1和obj2合并，合并后名称为complex

• 将gromacs模拟轨迹保存为视频动画输出

load conf0.pdb, mov    #载入轨迹初始结构
load_traj <traj_file>, mov, start=<num1>, stop=<num2>, interval=<num3>
#<traj_file>换成轨迹文件名，<num1>,<num2>,<num3>分别对应读入轨迹初始帧，结束帧，读取间隔，均应为正整数。
save movie as X.mpg    #输出为视频