- 将配体分子周围一定范围内的残基用棍状展示。
<pro>
表示蛋白名称,<lig>
表示配体名称, <num>
表示距离,用数字表示,单位:埃。
show sticks, byres <pro> within <num> of <lig>
- 将配体分子周围一定范围内的残基存储到新的obj,新的obj名称为pocket。
<pro>
表示蛋白名称,<lig>
表示配体名称, <num>
表示距离,用数字表示,单位:埃。
create pocket, byres <pro> within <num> of <lig>
- 找到一组原子的几何中心,并将中心用小球表示。前提需要将
center_of_mass.py
脚本文件复制到当前工作路径下,脚本百度一下就能找到。
import center_of_mass #将脚本作为模块读入
#接着用鼠标选中目标的一组原子。
com sele,state=r1 #生成原子组中心球
set sphere_scale,0.15 #调整中心球的大小
- 将两个obj合并为一个obj(尤其适用于受体和配体分子合并)
create complex, obj1 obj2 #将obj1和obj2合并,合并后名称为complex
load conf0.pdb, mov #载入轨迹初始结构
load_traj <traj_file>, mov, start=<num1>, stop=<num2>, interval=<num3>
#<traj_file>换成轨迹文件名,<num1>,<num2>,<num3>分别对应读入轨迹初始帧,结束帧,读取间隔,均应为正整数。
save movie as X.mpg #输出为视频