PyMol选择配体周围的氨基酸残基

PyMOL选择配体周围的氨基酸残基

1. 问题

经常使用PyMOL做蛋白质和小分子的可视化，可以直接生成用于文章发表的高质量图片，图片生成可参考pymol作图
等教程。但是，用了这么久一直没发现可以直接用于选择配体周围一定距离氨基酸残基的功能。
考虑到目前很多深度学习算法用口袋周围的氨基酸来计算预测亲和力、并在一些场景下我们想聚焦只关注配体周围局部范围内的氨基酸与其相互作用，因此需要在pymol中达到这一功能。
在预设的Action中并不存在这种可扩展的选项，但pymol的命令行可以实现这一功能，很简单，只需一行即可。

---

2. 解决方案

2.1 打开PyMol导入结构文件

如果你还没有安装PyMOL，可以参考安装开源pymol的教程安装pymol。
我们首先以1A0Q这个结构进行举例。利用pymol的命令行下载获取1A0Q的结构文件。

fetch 1a0q

2.2 选择配体周围的氨基酸残基

在序列中查看找到，这个结构的配体残基名称为HEP。
在最终选择前删除不必要的水分子、溶剂和不相关的其他链，1A0Q结构需要删掉水分子（0表示的）和三个锌离子（Zn）。
在命令行中选择配体HEP10埃范围内受体氨基酸残基。

select site, byres resn HEP around 10

site为选中后所有原子的命名，可以自己定义；
byres指选中的是残基，不加该参数则默认选中的是原子；
resn HEP是指选中的残基名称为HEP，根据自己结构中的配体残基名称修改即可；
around 10是指在指定残基的10埃范围内选中残基，设置该参数时选中的残基不包含指定残基本身，如若想包含指定残基本身可以将around替换为expand。

2.3 保存选中的原子为结构文件

可以直接在pymol界面的file\export molecule中保存site为你目标格式的结构文件。
或者在命令行直接保存。

save site.pdb, site