实用的科研图形美化处理教程分享
显微照片排版标记
除了统计图表之外,显微照片也是文章中必不可少的实验结果呈现方式。除了常规实验的各种组织切片照片,在空间转录组文章中显微照片更是常见。显微照片的呈现方式也是有讲究的,比如对照片的局部区域进行裁剪放大、在照片上添加ROIs (regions of interest)或Overlays, 如矩形、箭头、文本标签、标尺等。
一般而言,对于位图的处理需要使用专门的位图编辑软件,比如image J、Photoshop等,不过对于科研照片,我们被允许做的处理很有限,一般来说使用PPT、Ai(Adobe illustrator)就够了。
使用矩形工具和直线段工具(或钢笔工具)可以实现显微照片的局部放大效果,如下图。
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结构式与热图的组合
在一些学术大佬的文章中,包含热图的代谢通路图(如下图)还是比较常见的。绘制这样的组合图表,还是需要一点心思的。我们需要分别绘制分子结构式和热图,然后直接使用Ai(Adobe illustrator)将它们组合在一起,最后保存成画质更好的矢量图。
通过文件/置入将热图导入到当前画板上,按住shift键等比例调整热图的大小。然后选中热图,右键,执行取消编组,直至可单独操作热图的每一个方格。然后就可以使用小黑工具框选相应基因对应的热图网格,移动到通路图上相应的位置,如下图。需要注意的是,画热图时先对基因排序,这样可以轻松选取目标模块。
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进化树与热图的组合
进化树的构建这里使用MEGA,调整完成后,导出PDF或SVG格式的矢量图。热图的绘制,可以使用OmicShare的动态热图工具,调整满意后下载图形,注意保存成svg格式的矢量图。
接下来需要在Ai(Adobe illustrator)中做后面的组合操作,先用Ai打开进化树图,并使用矩形工具添加渐变底色,用画板工具调整画板的宽度,使画板的宽度适合并排放入两个图,然后导入热图,对其进行对齐。
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漂亮的花瓣韦恩图
首先,使用ggVennDiagram包绘制韦恩图,保存成PDF格式的矢量图。然后用Ai(Adobe illustrator)为每个分组的“独有”区域添加相应的分组渐变色,并添加对应子集的OUT(或基因)数量。
绘制效果如下:
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图表添加小图形
相比于文字,图像的信息量更大,更加直观。因此,在科研图表绘制中,很多巨佬绘制图表时会加入”图像“元素。一般来说,先用常规的科研绘图软件绘制图表,然后再使用Ai(Adobe illustrator)将文字标签替换为“图形”。
绘图效果:
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渐变底色进化树
在文献里经常会遇到非常好看的进化树,为了区分不同的Cluster,一般会添加渐变底色,并用图形替代文字,直观明了且颜值极高。绘制方法是,先使用MEGA完成进化树的构建,导出SVG或PDF格式的矢量图,然后通过Ai(Adobe illustrator)添加渐变底色。
最终的效果如下:
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高颜值的网络热图
首先,使用OmicShare的动态网络热图工具绘制网络图热图,调整满意后导出SVG格式图片后使用Ai(Adobe illustrator)进性了进一步美化,主要对分组标签的位置做了调整,并将连线两端的结点置于顶层,修改结点、图例中短线的颜色。
最终的效果如下:
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环状分类树图
首先,使用ggraph对数据进行树状图的绘制,比较遗憾的是,暂时还没有可以调整边(edge)颜色的方法,我这里只能导出为PDF格式的矢量图,使用Ai(Adobe illustrator)的魔棒工具对边的颜色进行快速调整。
调整后的效果如下:
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组合热图的绘制
首先,使用OmicShare的动态热图工具绘制热图,使用常规作图软件绘制条形图,然后导出为PDF格式的矢量图。然后就可以在Ai(Adobe illustrator)中进行图表的组合了,并使用矩形工具和文字工具绘制分类图例,图例中的正方形可用吸管工具吸取注释颜色条的颜色。
当然,我们还可以选中条形图和注释颜色条后,使用重新着色图稿功能对配色进行进一步调整,最终的效果如下:
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互作机制示意图
在文献中经常会看到这样一类分子、组织等相互作用机制示意图,一般出现在文章的摘要或总结部分,使研究内容看起来非常系统。这类机制示意图是文章内容的核心,几乎是高分文章必备的。
想绘制出这样的机制示意图,一般的办公软件比如PPT也能实现,只要会画圆角矩形以及各种样式的折线、虚线箭头就可以了。不过我这里推荐使用功能更强大效率更高的Ai(Adobe illustrator)进行绘制。
最后的绘制效果如下:
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一类分子、组织等相互作用机制示意图,一般出现在文章的摘要或总结部分,使研究内容看起来非常系统。这类机制示意图是文章内容的核心,几乎是高分文章必备的。
想绘制出这样的机制示意图,一般的办公软件比如PPT也能实现,只要会画圆角矩形以及各种样式的折线、虚线箭头就可以了。不过我这里推荐使用功能更强大效率更高的Ai(Adobe illustrator)进行绘制。
[外链图片转存中…(img-enUIG8CX-1696844286385)]
最后的绘制效果如下:
[外链图片转存中…(img-mlo6bvlN-1696844286385)]
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