10X单细胞（10X空间转录组）之一张UMAP图同时展示两个基因的表达情况

最新推荐文章于 2024-09-14 19:34:20 发布

追风少年ii

最新推荐文章于 2024-09-14 19:34:20 发布

阅读量719

点赞数 3

文章标签： linux 运维服务器

本文链接：https://blog.csdn.net/weixin_53637133/article/details/138210419

版权

本文介绍了如何使用Seurat库在单细胞RNA测序数据中，通过FeaturePlot函数在同一张UMAP图上展示两个基因（如BPREB3和HLA-DRA或Pecam1和Cd38）的表达，特别强调了选择配受体对的重要性。作者提供了代码示例以实现这一功能。

摘要由CSDN通过智能技术生成

还记得之前一直有同学问，如何在一张图上同时展示两个基因的表达情况，方便比较，今天我们来实现一下

library(Seurat)
Seurat_obj = readRDS('rds文件')
FeaturePlot(pbmc, features = c('BPREB3','HLA-DRA'), blend = TRUE)

这里我随便挑选了两个基因，但是大家在做分析的时候，这两个基因最好是细胞通讯得到的配受体对，这样就可以在一张UMAP图上看到配体和受体的表达关系了。

空间图上同时展示两个基因的表达情况

library(Seurat)
Seurat_obj = readRDS('rds文件')
coor = data.frame('UMAP_1'= Seurat_obj@images$image@coordinates$imagerow , 'UMAP_2' = Seurat_obj@images$image@coordinates$imagecol)
rownames(coor) = colnames(Seurat_obj)
coor = as.matrix(coor)
Seurat_obj@reductions$umap@cell.embeddings = coor  ###空间位置的坐标替换了UMAP坐标
FeaturePlot(Seurat_obj, features = c('Pecam1','Cd38'), blend = TRUE)  ##这里选择了配受体对