8. 基础知识
此部分描述了如何使用 LAMMPS 为用户和开发人员执行各种任务。术语表页面还列出了 MD 术语,以及相应 LAMMPS 手册页的链接。 LAMMPS 源代码分发的 examples
目录中包含的示例输入脚本以及示例脚本页面上突出显示的示例输入脚本还展示了如何设置和运行各种模拟。
8.1.通用基础知识
8.2. 设置入门
8.3. 分析入门
8.3.1. LAMMPS 的输出(thermo, dumps, computes, fixes, variables)
8.3.2.使用chunks计算系统属性
8.3.3.使用分布式网格
8.3.4.计算温度
温度计算为动能除以一定数量的自由度(和玻尔兹曼常数)。由于动能是粒子速度的函数,因此通常需要区分粒子的平流速度(由于粒子的某些聚集运动)及其热速度。两者之和就是粒子的总速度,但后者通常是计算温度所需的。
LAMMPS 有多种计算温度的选项,其中任何一种都可用于恒温和恒压。这些compute commands计算温度:
除了前 3 个之外,所有其他都直接计算速度偏差(例如平流速度),这些偏差在计算热温度时被消除。
Compute temp/sphere 和 compute temp/asphere 计算包含旋转自由度的有限尺寸粒子的动能。它们都通过一个可选的额外参数间接允许速度偏差,这是另一个减去速度偏差的温度计算。这使得球形或非球形粒子的平移速度能够以规定的方式进行调整。