lammps 2个温度修正命令，使模拟结果更精确

大家好，我是小马老师。
根据分子动力学理论，体系的温度与原子的速度有关。
温度由公式 KE = dim/2NKT计算得到
其中：KE为原子组的总动能（1/2 mv^2)，dim为模拟维度，N为原子总数，K为玻尔兹曼常数，T为温度。
在一些模拟中，体系的温度并不能完全按照以上公式进行计算。
例如，在lammps流体模拟中，流体原子按照一定的速度流动，如果把流体流动速度加入到上述公式进行计算，得到的温度可能与实际温度不符。
一般来说，流体的温度计算公式中应该去掉流体的流动速度。
在lammps中，有两个命令可实现这个功能：
（1）compute temp/partial
该命令语法为：

compute ID group-ID temp/partial xflag yflag zflag

其中，group-ID为需要计算温度的原子组。
xflag yflag zflag确定是否计算该方向的温度。取值为1表示计算温度是包含该方向的速度，取值为0表示不包含该方向的速度。
如流体沿y方向流动，在计算流体温度时，不包含y方向速度，只计算x和z方向速度：

compute myTemp flow temp/partial 1 0 1

（2）compute temp/com
该命令首先计算原子组质心的速度，在计算温度时，去除质心速度。
使用方法：

compute myTemp mobile temp/com

重新计算温度后，可在thermo或者fix命令中使用新的命令，如用在nvt系综设置中：

fix 1 flow nvt temp 300 300 0.1
fix_modify 1 temp myTemp

或者：

thermo_modify temp myTemp

温度修正命令不仅用到流体体系模拟中，在剪切或者有固定边界层的体系中同样适用。
对温度进行修正计算后，模拟结果会更加准确。

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