【LAMMPS学习】十、LAMMPS辅助工具(2)LAMMPS shell使用

10. 辅助工具

10.1.预处理工具

10.2.后处理工具

10.3.各种工具

10.4.工具说明

10.4.17. LAMMPS shell

2020 年 10 月 9 日版本中的新增内容。

概述

LAMMPS Shell， lammps-shell 是一个程序，其功能与常规 LAMMPS 可执行文件非常相似，但进行了一些修改和添加，使其对于交互式会话更加强大，即从提示符中键入 LAMMPS 命令而不是阅读它们来自一个文件。

• 它使用 readline 和历史库来提供命令行编辑和上下文感知 TAB 扩展（详细信息如下）。

• 当从命令行处理带有“-in”或“-i”标志的输入文件时，它不会在该输入文件末尾退出，而是在提示符处停止，以便可以发出其他命令

• 错误不会中止 shell，而是返回到提示符。

• 它具有旨在交互式使用的附加命令（详细信息如下）。

• 使用 CTRL-C 中断计算不会终止会话，而是强制执行超时以彻底停止正在进行的运行（有关超时的更多信息请参阅计时器命令文档）。

这些增强功能使 LAMMPS shell 成为图形桌面环境（例如 Gnome、KDE、Cinnamon、XFCE、Windows）中交互式 LAMMPS 会话的有吸引力的选择。

TAB 扩展

在 shell 提示符下以交互方式编写命令时，您可以随时按 TAB 键来尝试完成文本。此完成是上下文感知的，并且将仅将任何第一个单词扩展为该可执行文件中可用的命令。

• 对于样式命令，它将扩展到相应类别的可用样式（例如，pair_style 命令后的配对样式）。

• 对于  compute, fix, 或者 dump ，它也只会扩展到已为 group-ID 关键字定义的组。

• 对于  compute_modify, fix_modify, 或者 dump_modify等命令，它将仅扩展到已知的计算/修复/转储ID。

• 当分别输入带有“c_”、“f_”或“v_”前缀的计算、修复或变量的引用时，扩展将是已知的计算/修复 ID 和变量名称。变量名称扩展也可用于 ${name} 变量语法。

• 在所有其他情况下，TAB 扩展将完成文件和目录的名称。

命令行编辑和历史记录

输入命令时，可以使用类似于 BASH 提供的命令行编辑。因此，可以在当前行周围移动并执行各种剪切、插入和编辑操作。可以通过向上（和向下）滚动或搜索（例如使用 CTRL-r）来检索以前的命令。

还可以通过使用感叹号“！”来执行历史扩展。示例：“!!”将替换为上一个命令，“!-2”将重复之前的命令，“!30”将替换为命令历史列表中的事件号 30，“!run”将替换为最后一个以“run”开头的命令行。在这样的历史扩展中添加“:p”将导致扩展被打印并添加到历史列表中，但不会被执行。退出时，LAMMPS shell 会将历史列表写入当前工作目录中的文件“.lammps_history”。如果启动 LAMMPS shell 时存在这样的文件，则会读取该文件以填充历史列表。

这是通过 readline 库实现的，因此可以使用主目录中的 .inputrc 文件进行自定义。对于特定于应用程序的自定义，LAMMPS shell 使用名称“lammps-shell”。有关使用 readline 来使用和自定义应用程序的更多信息，请参阅以下位置的可用文档：https://www.gnu.org/software/readline/

附加命令
在常规 LAMMPS 命令之上，将以下命令添加到 LAMMPS shell：

help (or ?)    print a brief help message
history        display the current command history list
clear_history  wipe out the current command history list
save_history <range> <file>
               write commands from the history to file.
               The range is given as <from>-<to>, where <from> and <to>
               may be empty. Example: save_history 100- in.recent
source <file>  read commands from file (same as "include")
pwd            print current working directory
cd <directory> change current working directory (same as pwd if no directory)
mem            print current and maximum memory usage
|<command>     execute <command> as a shell command and return to the command prompt
exit           exit the LAMMPS shell cleanly (unlike the "quit" command)

请注意，一些已知的 shell 操作是以平台无关的方式在 LAMMPS shell 命令中实现的，而使用“|”字符将始终将以下文本传递给操作系统的 shell 命令。

编译
在使用常规 make 过程构建 LAMMPS 后，可以通过将 CMake 变量 BUILD_LAMMPS_SHELL 设置为“on”或使用 tools/lammps-shell 文件夹中的 makefile 进行编译来启用 LAMMPS shell 的编译。 makefile 可能需要根据用于编译 LAMMPS 的功能和设置进行自定义。

局限性
LAMMPS shell 并非设计用于通过 mpirun 或 mpiexec 或 srun 进行 MPI 并行化。

Readline 自定义

可以在 ${HOME}/.inputrc 文件中自定义 readline 功能的行为。这可用于更改默认设置或更改键绑定。 LAMMPS Shell 设置应用程序名称 lammps-shell ，因此设置可以全局应用，也可以通过将它们括在 $if lammps-shell 和 $endif 之间来仅应用于 LAMMPS shell，如以下示例：

$if lammps-shell
# disable "beep" or "screen flash"
set bell-style none
# bind the "Insert" key to toggle overwrite mode
"\e[2~": overwrite-mode
$endif

有关此内容的更多详细信息，请参阅 readline 文档。

LAMMPS Shell 提示和技巧 

以下是有关如何使用和自定义 LAMMPS shell 的一些建议。

启用波波浪符扩展

建议将 set expand-tilde on 添加到 ${HOME}/.inputrc ，因为这将更改文件名扩展行为，以将任何以“~”开头的文本替换为相应用户主目录的完整路径。虽然文件名扩展将发生在上下文未知的所有参数上（例如 ~/compile/lamm<TAB> 将扩展为 ~/compile/lammps/ ），但默认情况下它不会替换波形符。但由于 LAMMPS 本身不进行波形符扩展（与 shell 不同），因此这会导致错误。相反，波形符表达式应该扩展为有效路径，其中简单的“~/”代表当前用户的主目录，“~someuser/”代表“/home/someuser”或该用户主目录的完整路径目录是。

文件扩展名关联

由于当使用“-in”或“-i”标志在命令行上传递输入文件时，LAMMPS shell（与常规 LAMMPS 可执行文件不同）不会退出（行为类似于 python -i <filename> ） ，它使 LAMMPS shell 适合根据输入文件的文件扩展名（例如“.lmp”）将其与输入文件相关联。由于 lammps-shell 是一个控制台应用程序，因此您必须使用如下命令行在终端程序中运行它：

xterm -title "LAMMPS Shell" -e /path/to/lammps-shell -i in.file.lmp

使用历史记录创建输入文件 

当以交互方式试验命令以找出合适的设置选择或简单的正确语法时，您可能希望将部分命令记录到文件中以供以后使用。这可以通过 save_history 命令来完成，它允许有选择地将命令历史记录的一部分写入文件（示例： save_history 25-30 in.run ）。可以进一步编辑该文件（示例： |vim in.run ），然后读回该文件并进行尝试（示例： source in.run ）。如果输入还创建了系统框，则首先需要使用 clear command 命令。