细菌完成图+比较基因组学助力沙门氏菌毒力因子研究

派森诺生物与华中农业大学合作，在微生物领域 《Microorganisms》发表研究成果！本研究提供了沙门氏菌的毒力表型和基因组特征，为进一步了解肠道沙门氏菌的毒力机制提供了依据。本研究首次获得肠球菌高毒力分离株SE211完整基因组序列，并对其进行比较基因组学和系统发育分析，为进一步研究肠球菌遗传学提供了初步的认识。

研究背景

沙门氏菌是一种广泛存在的人畜共患病病原体，通过受感染的牲畜和家禽引起人类食物中毒，并在世界范围内造成了相当大的经济损失。沙门氏菌病例是全球细菌性食源性疾病比较常见的原因之一，沙门氏菌是一个高度多样化的属，包括两个物种(邦戈里沙门氏菌和萨尔姆沙门氏菌其中，肠道沙门氏菌被认为是最致病的一种。由于抗生素试剂的广泛使用，沙门氏菌的耐药性是近年来的一个挑战。特别是，沙门氏菌的耐药菌株已经造成了相当大的经济损失，甚至在一些发展中国家的人类死亡。因此，研究沙门氏菌的潜在毒力机制并积极解决其致病性具有重要意义。

研究材料与方法

1.实验材料：

从鸡体内分离出9株肠链球菌(Enteritidis 201、Enteritidis 211、鼠伤寒杆菌206、鼠伤寒杆菌114、鼠伤寒杆菌64、鼠伤寒杆菌62、鼠伤寒杆菌92、Anatum 76和S. Indiana 94。现储存于华中农业大学农业部食品安全评价重点实验室/兽药残留国家参比实验室。鼠伤寒杆菌CVCC541参照株为强毒株，购于中国兽医培养物保藏库。

2.测序平台：

Illumina Miseq 、Pacific Biosciences

3.分析内容：

细菌完成图测序、系统发育分析和ANI分析、基因家族构建与共线性分析、生物防治分析等。

研究结果

1. 致病性分析及关键毒力基因的表达

根据图1A所示的程序，对9株肠链球菌进行了鸡的急性感