派森诺细菌完成图标准分析轻松发文

2021年11月2日，派森诺与上海中医药大学黎万奎老师课题组，在微生物基因组领域的《Pathogens》发表研究成果！该研究从藏红花的根际土壤中分离得到了铜绿假单胞菌YY322，通过拮抗实验发现该菌株对藏红花的病原菌具有较强的拮抗，全基因组测序揭示了该菌株在植物生长促进和生物防治机制中的作用，为铜铝假单胞菌作为植物促生菌用于藏红花生产提供了证据，为微生物肥料的开发利用奠定了理论基础。

研究背景

藏红花是中国一种重要的药用植物，具有活血化瘀、凉血解毒、缓解抑郁、镇定神经的功效。由于藏红花产量低、价值高、价格昂贵、被称为“红色黄金”。目前上海崇明岛可以广泛种植藏红花，但由于长期连作等因素，许多球茎已经腐烂，导致藏红花产量和质量下降。有研究表明，植物根际土壤环境独特，大量微生物聚集在该区域，为植物的生长发挥着重要作用。从根据土壤中目前已经分离除大量具有增长植物养分吸收和免疫功能的植物促生菌（PGPR），其中假单胞菌是一种广泛分布于自然界的专性需氧革兰氏阴性杆状细菌，其生长迅速，能适应自然环境，而且还能分泌一系列代谢物，有效地拮抗植物病原体的发生和发展，帮助植物吸收和利用营养物质。本研究从藏红花根际土壤中分离得到了85株细菌，其中YY322菌株对藏红花5种病原菌具有较好的拮抗作用，结合生理生化试验和分子生物学鉴定，确定该菌为铜绿假单胞菌。通过全基因组测序分析，进一步探索其拮抗和促生长机制。

研究材料与方法

1.实验材料：藏红花根际土壤中分离得到的通路假单胞菌YY322分离株

2.测序平台：Illumina Novaseq+Pacbio

3.分析内容：细菌完成图测序、16S进化树构建、次级代谢产物基因簇分析、菌株形态和生理生化实验等。

研究结果