基于高通量测序开发甘蓝型油菜全基因组SSR标记

1.研究背景

甘蓝型油菜（Brassica napus L.）是重要的油料作物，基因组大小为1130 Mb，作为异源多倍体作物，油菜大而复杂的基因组限制其研究进展，为发展油菜产业和加快油菜遗传研究，利用分子技术从基因组水平进行研究很重要。

分子标记广泛应用于植物育种、遗传多样性和种质资源评价等研究方向，SNPs是基因组中较为丰富的变异类型，但是不能发现由于表型差异造成的全部基因组变异，选择和利用SSRs标记来发现基因组上的重要遗传变异是很重要的，SSRs标记具有共显性、高丰度、高变异、随机分布等特点，是植物研究中应用较为广泛的标记类型之一。本研究利用NGS技术开发了甘蓝型油菜全基因组SSR标记，并分析微卫星重复序列的频率和分布，随机选取100对SSR引物，对8个油菜品种进行PCR扩增验证。

“Huyou21”具有高油、低芥酸、低硫代葡萄糖苷的特点，本研究对“Huyou21”基因组测序并开发SSRs标记，包括 “Huyou21”的8个油菜品种对SSRs标记进行可靠性评价，并选择具有多态性的SSRs标记对78份油菜种质进行遗传多样性评价。

2.材料与方法

基因组总DNA提取：Plant Genomic DNA Kit (ZOMANBIO, China)

文库制备与上机测序：Roche 454 GS FLX + System

SSR标记搜索：MISA 程序

SSR标记检测：8% PAGE凝胶电泳、3730XL Genetic Analyzer、GeneMapper软件

遗传多样性计算：POPGENE 软件

3.结果与讨论

本研究利用NGS技术得到213,876条reads，序列全长58.8 Mb，从18,575条微卫星序列中得到21,523个