全基因组关联分析GWAS专题2——连锁不平衡

最新推荐文章于 2024-09-13 16:27:18 发布

菌小落

最新推荐文章于 2024-09-13 16:27:18 发布

阅读量5.7k

点赞数 3

文章标签：概率论

本文链接：https://blog.csdn.net/muhamuha2020/article/details/121037887

版权

连锁不平衡（LD）是群体遗传学的重要概念，常用于全基因组关联分析（GWAS）。本文介绍了LD的概念、计算方法如D值、D'和r2，以及其在GWAS和LD衰减中的作用。LD衰减距离对于理解和优化GWAS研究至关重要，而PopLDdecay软件则提供了一种处理VCF格式文件并绘制LD衰减图的解决方案。

摘要生成于 C知道，由 DeepSeek-R1 满血版支持，前往体验 >

连锁不平衡（linkage disequilibrium, LD）分析是群体遗传学研究中常见的分析内容，也是关联分析的基础，在很多的GWAS文章中都会出现LD衰减图及单倍型block图，接下来一起连锁不平衡（linkage disequilibrium, LD）初探。

图1 水稻自然群体连锁不平衡衰减与桃果糖含量位点相关单倍型区块

1、LD的概念

当位于某一座位的特定等位基因与另一座位的某一等位基因同时出现的概率大于群体中因随机分布的两个等位基因同时出现的概率时，称这两个座位处于连锁不平衡状态。

2、LD的计算方法与度量指标

2.1 D值的计算

LD的基本单位是D值，度量观察到的单倍型频率与平衡状态下期望频率的偏差。D值根据单倍型频率必≥0，计算取值范围为[-0.25,0.25]。

D=Pr（A，B）-Pr（A）×Pr（B）

=PAB-PAPB

=PAB-（1-Pa）（1-Pb）

=PAB-（1-Pa-Pb+PaPb）

=PAB-（PA-Pb+PaPb）

=PAB-[PAB+PAb-（PAb

最低0.47元/天解锁文章

确定要放弃本次机会？

福利倒计时

: :

立减 ¥

普通VIP年卡可用

立即使用

菌小落

关注关注

3
点赞
踩
21

收藏

觉得还不错? 一键收藏
0
评论
分享

复制链接

分享到 QQ

分享到新浪微博

扫一扫
举报

举报

LD: 利用Plink软件进行连锁不平衡计算和绘图

qq_40256654的博客

03-01

4963

*替换为实际的文件名。这段代码会生成一个热图，展示不同SNP对之间的LD关系，其中颜色深度表示LD强度。这个流程提供了一个从LD计算到结果可视化的完整示例，适用于基因型数据的LD分析。这个命令会计算500kb窗口内所有SNP对的r²值，是评估LD强度的常用指标。**包来处理PLINK输出的LD数据，并绘制LD热图。在R中，我们可以使用**[输出文件的基本名]

GWAS | 全基因组关联分析 | PLINK | 实战 | 统计遗传学

weixin_34409703的博客

05-09

1万+

参考：PLINK | File format reference vcftools plink的主要功能：数据处理，质量控制的基本统计，群体分层分析，单位点的基本关联分析，家系数据的传递不平衡检验，多点连锁分析，单倍体关联分析，拷贝数变异分析，Meta分析等等。首先必须了解plink的三种格式：bed、fam和bim。（注意：这里的bed和我们genome里的区域文件bed完全...

参与评论您还未登录，请先登录后发表或查看评论

【生信】全基因组关联分析（GWAS）原理

热门推荐

weixin_40695088的博客

03-12

6万+

【生信】全基因组关联分析（GWAS） 1.前提知识介绍 1.1 最小二乘法 1.2 GWAS的数学原理 1.3 Hardy-Weinberg定律&卡方检验 1.4 连锁不平衡 1.5 曼哈顿图 1.6 箱式图Box-plot 1.7 QQ plot 2、GWAS的定义 2.1 几个需要知道的概念： 2.2全基因组关联分析 3、GWAS——数据预处理 3.1质控的原因： 3.2基因型数据的质控： 3.4表型数据质控： 3.5正负链翻转 3.6 基因型填补 3.7群体分层校

连锁不平衡及基因组关联分析（植物相关）

DHeeeeer的博客

07-13

2147

连锁不平衡及基因组关联分析（植物相关）

生物信息——连锁不平衡 Linkage Disequilibrium

bruceyang2009lzu的专栏

11-22

2万+

不同基因座位的各等位基因在人群中以一定的频率出现。在某一群体中，不同座位某两个等位基因出现在同一条染色体上的频率高于预期的随机频率的现象，称连锁不平衡 (linkage disequilibrium) 由于 HLA 不同基因座位的某些等位基因经常连锁在一起遗传，而连锁的基因并非完全随机地组成单体型，有些基因总是较多地在一起出现，致使某些单体型在群体中呈现较高的频率，从而引起连锁不平衡。

连锁不平衡_连锁

cundai5745的博客

07-11

656

连锁不平衡My Dreamweaver page has been honoured with another link from Zeldman. I’m glad that people have found my Web Standards related extensions useful, if you have any comments, ways they could be impr...

连锁不平衡及LD decay analysis

SUN5_The_answer的博客

11-18

2951

连锁不平衡

基于SNP的连锁不平衡分析

04-23

基于SNP的连锁不平衡分析，第四军医大刘智广老师的PPT教程，很详细

gwas snp 和_全基因组关联分析(GWAS)神器——PLINK

05-24

GWAS (全基因组关联分析)是一种用于研究基因与疾病之间关系的方法，它通过比较大量的基因型数据和疾病状态数据，来寻找与疾病相关的基因变异。而 SNP (单核苷酸多态性) 是一种常见的基因变异形式，因此 GWAS 研究...

weixin_30497527的博客

05-09

8799

问题： linkage disequilibrium (LD)和 pairwise correlation的区别？似乎它们都能达到相同的目的。先从直觉上理解一下GWAS的原理：核心就是SNP与表型的关联，对于每一个genome位点，如果某个SNP总是与某疾病同时出现，那我们就可以推测这个SNP极有可能会导致这个疾病。规范点讲就是看某个SNP在case和control两个popu...

连锁不平衡的计算方法

小猪打呼噜

10-11

3万+

连锁不平衡（linkage disequilibrium,LD）是指在某一个群体中，不同座位上两个基因同时遗传的频率明显高于预期的随机频率现象。我们一般用D，D'和r2来表示LD的程度. D，D'和r2的计算方法。

ldpsiz:Ldpsiz是一种计算机软件包，可根据连锁不平衡（LD）数据估算人口规模的历史

05-04

ldpsiz 该存储库已移至githup.com:alanrogers/pophist.git，因为它不再仅仅是链接不平衡（LD）。现在，它使用了现场频谱以及LD。但是，我保留了“ ldpsiz”版本，因为该网址已在一篇已发表的论文中列出。 Ldpsiz是一种计算机软件包，可根据连锁不平衡（LD）数据估算人口规模的历史。文档从开始

haploview进行连锁不平衡分析

庐州月光的博客

06-25

1万+

欢迎关注"生信修炼手册"！haploview 是基于图形界面的软件，其界面设计良好，用法简单，是进行连锁不平衡分析的主流软件之一。需要两个输入文件，后缀分别为ped和i...

如何快速查询人基因组的LD连锁不平衡信息

zd200572的博客

10-13

5340

最近做PRS评分，需要用到连锁不平衡信息，来进行位点筛选，找了好几个工具用于计算连锁不平衡，也发现了个好用的网页工具来进行查询，在这里和大家分享一下！地址在这，阅读原文也是这个，后面的操作都在这个网页进行的。由于这个网站用到了谷歌的一些组件，可能需要科学上网才能访问。什么，你不会，我有个凑活着用的方式，要不要试试，回复"setup",给你个小工具。 LDlink 首页先来欣赏下首页，美国NIH的癌症研究所的工具，还是比较权威的，数据来自千人基因组计划，可以分人种进行信息查询。可以看到有好几个工具可用，我

什么是GWAS全基因组关联分析？

最新发布

青笋的博客

09-13

6959

我们有10个样本，每个样本都有测量的高度和一个SNP的基因型数据。固定效应估计：截距项是植株的基础高度，SNP效应是斜率，固定效应部分告诉我们，SNP基因型与植物高度之间是否存在关联。在全基因组关联分析（GWAS）中，混合线性模型（MLM）是一种广泛应用的统计方法，用于控制群体结构和亲缘关系对关联分析的干扰。固定效应（Fixed Effects）：指感兴趣的因素，其效应是固定的、可重复的。公式左边K表示个体的亲缘关系系数，m表示总的SNP数量，g表示SNP等位基因的编码，p表示SNP等位基因的频率。

使用PopLDdecay软件绘制LD衰减图

沉香best的博客

03-29

2845

PopLDdecay是一款用于进行种群遗传学和关联分析的软件。它可以在全基因组水平上进行基因型数据的相关性和衰减分析，帮助研究人员探索种群间的遗传差异和突变选择的模式。PopLDdecay支持多种数据格式的输入，包括VCF、HapMap、PLINK和BEAGLE等格式。它还提供了直观的可视化功能，可以生成遗传距离和衰减图，帮助用户更好地理解和解释结果。此外，PopLDdecay还具有高效的计算能力和并行处理功能，可以加快分析速度，提高效率。

如何对利用GWAS关联到的SNP位点进行注释

hgz2020的博客

08-29

3535

gwas

LD：连锁不平衡分析常用的方法

qq_40256654的博客

03-01

1095

LD（连锁不平衡）分析是一种用于研究遗传标记之间相互关联的程度的统计方法，广泛应用于遗传学和基因组学研究。LD分析可以帮助科学家识别基因组中那些紧密相连的遗传变异，这对于理解复杂疾病的遗传基础、进行群体遗传学研究以及进行关联研究等方面都是非常重要的。这些方法各有优势和局限，通常会根据研究的具体需求和数据类型来选择合适的方法进行LD分析。