全基因组关联分析GWAS专题2——连锁不平衡

最新推荐文章于 2024-09-13 16:27:18 发布

菌小落

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文章标签：概率论

本文链接：https://blog.csdn.net/muhamuha2020/article/details/121037887

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连锁不平衡（LD）是群体遗传学的重要概念，常用于全基因组关联分析（GWAS）。本文介绍了LD的概念、计算方法如D值、D'和r2，以及其在GWAS和LD衰减中的作用。LD衰减距离对于理解和优化GWAS研究至关重要，而PopLDdecay软件则提供了一种处理VCF格式文件并绘制LD衰减图的解决方案。

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连锁不平衡（linkage disequilibrium, LD）分析是群体遗传学研究中常见的分析内容，也是关联分析的基础，在很多的GWAS文章中都会出现LD衰减图及单倍型block图，接下来一起连锁不平衡（linkage disequilibrium, LD）初探。

图1 水稻自然群体连锁不平衡衰减与桃果糖含量位点相关单倍型区块

1、LD的概念

当位于某一座位的特定等位基因与另一座位的某一等位基因同时出现的概率大于群体中因随机分布的两个等位基因同时出现的概率时，称这两个座位处于连锁不平衡状态。

2、LD的计算方法与度量指标

2.1 D值的计算

LD的基本单位是D值，度量观察到的单倍型频率与平衡状态下期望频率的偏差。D值根据单倍型频率必≥0，计算取值范围为[-0.25,0.25]。

D=Pr（A，B）-Pr（A）×Pr（B）

=PAB-PAPB

=PAB-（1-Pa）（1-Pb）

=PAB-（1-Pa-Pb+PaPb）

=PAB-（PA-Pb+PaPb）

=PAB-[PAB+PAb-（PAb

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LD: 利用Plink软件进行连锁不平衡计算和绘图

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*替换为实际的文件名。这段代码会生成一个热图，展示不同SNP对之间的LD关系，其中颜色深度表示LD强度。这个流程提供了一个从LD计算到结果可视化的完整示例，适用于基因型数据的LD分析。这个命令会计算500kb窗口内所有SNP对的r²值，是评估LD强度的常用指标。**包来处理PLINK输出的LD数据，并绘制LD热图。在R中，我们可以使用**[输出文件的基本名]

GWAS | 全基因组关联分析 | PLINK | 实战 | 统计遗传学

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