转录组+代谢组助力大环内酯类抗生素对藻类抑制作用机制的研究

本研究通过转录组和代谢组分析,揭示了泰乐菌素(TYN)对羊角月牙藻生长抑制的机制。TYN处理导致羊角月牙藻光合作用、DNA复制和能量代谢相关通路的失调,影响藻类生长。高浓度TYN处理下,光合系统、DNA修复、能量代谢和脂质代谢受损更为严重,提示TYN可能引发氧化应激和基因组不稳定。
摘要由CSDN通过智能技术生成

泰乐菌素(TYN)是一种常用的大环内酯类抗生素,可有效对抗革兰氏阳性菌,并可作为兽药用于预防肠道和呼吸道感染。TYN残留物可以通过在农田中施用粪肥和泻湖废水进入环境,值得注意的是,全球地表水中已检测到浓度高达3.06 μg L-1的TYN。已有研究表明,TYN对藻类的生长和发育产生不利影响。TYN能够抑制铜绿微囊藻和羊角月牙藻的叶绿素合成,进而抑制其光合作用。此外,TYN降低了铜绿微囊藻和羊角月牙藻的生长性能和增殖能力。

羊角月牙藻是经济合作与发展组织(OECD)推荐的生态毒理试验模式藻类,因为它分布全球,生长迅速,对有毒物质敏感。此外,已经完成了羊角月牙藻全基因组测序,并研究了暴露在抗生素中的分子机制。在本研究中,我们利用转录组和代谢组的综合分析来揭示TYN暴露下羊角月牙藻生长抑制的潜在分子机制。本研究发现,在TYN胁迫下,羊角月牙藻生长抑制与光合作用、DNA复制和能量代谢相关的分子通路失调有关。

技术路线

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研究结果

  1. TYN对羊角月牙藻生长的影响

在本研究中,以3μg L-1(低处理组)和400μg L-1(高处理组)浓度的TYN处理羊角月牙藻7天(图1)。处理4天后,高TYN处理组的羊角月牙藻相比于对照组减少了67.8%。处理7天后,低处理组和高处理组的生长均受到显著抑制,相比于对照组分别减少了26.3%和58.3%。

主要内容:本文详细介绍了一种QRBiLSTM(分位数回归双向长短期记忆网络)的时间序列区间预测方法。首先介绍了项目背景以及模型的优势,比如能够有效利用双向的信息,并对未来的趋势上限和下限做出估计。接着从数据生成出发讲述了具体的代码操作过程:数据预处理,搭建模型,进行训练,并最终可视化预测结果与计算分位数回归的边界线。提供的示例代码可以完全运行并且包含了数据生成环节,便于新手快速上手,深入学习。此外还指出了模型未来发展的方向,例如加入额外的输入特性和改善超参数配置等途径提高模型的表现。文强调了时间序列的标准化和平稳检验,在样本划分阶段需要按时间序列顺序进行划分,并在训练阶段采取合适的手段预防过度拟合发生。 适合人群:对于希望学习和应用双向长短时记忆网络解决时序数据预测的初学者和具有一定基础的研究人员。尤其适用于有金融数据分析需求、需要做多一步或多步预测任务的从业者。 使用场景及目标:应用于金融市场波动预报、天气状况变化预测或是物流管理等多个领域内的决策支持。主要目的在于不仅能够提供精确的数值预计还能描绘出相应的区间概率图以增强结论置信程度。 补充说明:本教程通过一个由正弦信号加白噪构造而成的简单实例来指导大家理解和执行QRBiLSTM流程的所有关键步骤,这既方便于初学者跟踪学习,又有利于专业人士作为现有系统的补充参考工具。
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