薛定谔分子对接、药效团、3D-QSAR

最新推荐文章于 2025-02-26 14:18:19 发布
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本文探讨了薛定谔分子对接、药效团模型以及3D-定量构效关系（3D-QSAR）在现代药物设计中的重要角色。通过这些技术，科学家能够预测小分子与靶蛋白的相互作用，优化药物候选物的活性和选择性，从而提高药物开发的成功率。

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文章来源公众号：科研讨论圈

时间

研讨会内容

内容

第一天上午

蛋白-配体相互作用
  1. 分子对接基础、原理及对接软件介绍
  2. 分子对接软件（薛定谔) 使用

   2.1半柔性对接

      2.1.1  小分子配体优化准备

      2.1.2  蛋白受体优化及坐标文件准备
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Hbaixue
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分子动力学模拟软件_分子模拟软件Discovery Studio教程(九)：具有活性预测能力3D-QSAR药效团模型评估...
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12-05 1458
Discovery Studio™ (简称DS)是专业的生命科学分子模拟软件，DS目前的主要功能包括：蛋白质的表征（包括蛋白-蛋白相互作用）、同源建模、分子力学计算和分子动力学模拟、基于结构药物设计工具（包括配体-蛋白质相互作用、全新药物设计和分子对接）、基于小分子的药物设计工具（包括定量构效关系、药效团、数据库筛选、ADMET）和组合库的设计与分析等。在前面的文章中，利刃君为大家带来了使用Dis...
基于3D-QSAR的三环胍类似物在抗疟疾方面的研究
onetwotwothree_的博客
04-14 272
摘要：某些科学家和将大数据提取整理到公共数据库这一过程都需要对文本进行数据挖掘，科学出版物的大量发行则要求可以实现半自动和全自动文本挖掘。作者开发了一种文档分类器，可以成功区分“类化学物” (即与小分子药物发现相关且可能包含定量生物活性数据的出版物)和“非类化学物”。 DS QSAR，DS QSAR+：定量构效关系研究工具。可以计算接近千种与生物活性或ADME/T性质相关的描述符，包括分子拓扑描述符、分子指纹在内的一系列基本性质。同时可以调用半经验量子力学程序VAMP计算与电子相关的描述符。还提供了多
网络药理学之薛定谔Schrödinge Maestro：7、批量分子对接（使用XGlide/Crossdocking模块进行蛋白质和配体多对多交叉对接）及生成热图
最新发布
shanshan的博客
02-26 832
25.03.19回顾时发现漏洞和需要补充的地方。二次修正呃呃呃呃修订了好多，结果CSDN卡住退出了……痛需要大家自行准备多个蛋白质（PDB格式）和多个小分子配体（最好是mol2格式。在开始批量对接前，确保你prep_lig。
Discovery studio构建药效团（Pharmacophore）的方式
Drug discovery
08-09 3779
一类是具有相同药理作用的类似物，它们具有某种基本结构，即相同的化学结构部分如磺胺类药物、局麻药、受体阻断剂、拟肾上腺素药物等;另一类是一组化学结构完全不同的分子，但它们以相同的机理与同一受体结合，产生同样的药理作用，如己烯雌酚的化学结构比较简单，但因其立体构象与雌二醇相似，也具有雌激素样作用。药效团是基于药效特征元素为基础建立的模型。药效特征元素主要分为七种，包括: 氢键供体、氢键受体、正负电荷中心、芳环中心、疏水基团、亲水基团以及几何构象体积冲撞。一个有效的药效团模型，一般包含3-5个有效的药效团元素。
分子动力学模拟软件_分子模拟软件Discovery Studio教程(十三)：构建PLS模型（3D-QSAR）...
weixin_39525255的博客
12-10 1755
Discovery Studio™ (简称DS)是专业的生命科学分子模拟软件，DS目前的主要功能包括：蛋白质的表征（包括蛋白-蛋白相互作用）、同源建模、分子力学计算和分子动力学模拟、基于结构药物设计工具（包括配体-蛋白质相互作用、全新药物设计和分子对接）、基于小分子的药物设计工具（包括定量构效关系、药效团、数据库筛选、ADMET）和组合库的设计与分析等。3D-QSAR 方法更能间接反映配体小分子和...
薛定谔 | 分子药效团构建
药研猿的博客
10-20 2503
部分有两个选项，第一个选项是程序对输入的配体集进行自动叠合，这种情况下默认是没有进行构象搜索，因此当选中第一个后，页面下方产生构象的选项可以勾选。第二个选项意思是这些小分子是预先叠合好的，因此它们就不能再进行构象搜索，否则会对预先叠合结果产生影响，因此当选中第二个选项后，页面下方产生构象的选项就无法勾选。基于受体-配体复合物产生药效团和第一种情况类似，但需要对复合物进行预处理。在左侧需要提前选中所有的配体分子。，设置每个配体分子产生构象个数。
薛定谔 | 小分子叠合
药研猿的博客
10-20 2615
所谓分子叠合就是将同一种分子不同构象移动到一起，使得二者整体保证原子的叠合。这类操作之后往往会有一个RMSD的指标用于衡量这两个分子之间的空间相似度。数值越小，二者差异越小。蛋白、核酸的分子叠合很多软件都可以做，也很方便做。但小分子之间的叠合却不是件容易的事儿，一方面对于小分子的叠合多数情况下都是不同分子，二者可能仅仅只具有相似的分子骨架，而原子数、原子类型等都存在较大差异，这个时候让程序自行寻找原子对应关系，显然强人所难了。
薛定谔 | 用药效团模型筛选药物
药研猿的博客
10-20 2156
药效团筛药
Open3DQSAR-开源
04-27
Open3DQSAR是一个免费的开放源代码工具，用C语言编写，旨在通过对分子相互作用域（MIF）进行高通量化学计量分析来探索药效团。
分子对接软件（薛定谔Schrodinger) 使用
pang0416的博客
03-16 8098
蛋白-配体相互作用、柔性对接及基于结构的虚拟筛选、基于药效团虚拟筛选、构效关系模型预测分子活性
分子对接用于虚拟筛选（Autodock或薛定谔）
weixin_57450547的博客
04-20 3200
生物分子互作基础 1.生物分子互作用研究方法 1.1蛋白-小分子、蛋白-蛋白相互作用原理 1.2 分子对接研究生物分子相互作用 1.3 蛋白蛋白对接研究分子相互作用 蛋白数据库 PDB 数据库介绍 1.1 PDB蛋白数据库功能 1.2 PDB蛋白数据可获取资源 1.3 PDB蛋白数据库对药物研发的重要性 2.PDB 数据库的使用 2.1 靶点蛋白结构类型、数据解读及下载 2.2 靶点蛋白结构序列下载 2.3 靶点蛋白背景分析及相关数据资源获取途径 2.4 批量下载蛋白晶体结构 蛋白结构分析 Pymol
CADD计算机辅助药物设计+先导化合物筛选+薛定谔专题+分子动力学模拟
Waitingyx的博客
07-19 2483
计算机辅助药物设计是通过计算机模拟、计算和预算药物与受体生物大分子之间的关系，设计和优化先导化合物的方法；近年来，计算机辅助药物设计已经取得一定成就，特别是在新冠肺炎爆发后，很多研究机构和企业采用计算机辅助药物设计方法辅助进行了很多研究工作。在新型冠状病毒的治疗方案中，通过同源建模方法发布了新冠病毒的三维结构，通过药物靶标预测、筛选出针对新型冠状病毒的药物，通过一系列计算机辅助药物生物计算的方法发现一大类药物分子可以有效阻止新冠病毒的侵染，为治疗新冠提供了新机理和新思路。应新老客户的培训需求，北京软研国际信
药学薛定谔专题干货总结
Angus_1的博客
07-16 1976
使用薛定谔软件进行分子对接、虚拟筛选，基于药效团的虚拟筛选、构效关系预测分子活性等专业技术 蛋白-配体相互作用 分子对接基础、原理及对接软件介绍 分子对接软件（薛定谔) 使用 2.1半柔性对接 2.1.1 小分子配体优化准备 2.1.2 蛋白受体优化及坐标文件准备 2.1.3 蛋白受体格点计算 2.1.4 半柔性对接计算 2.2对接结果评价 ...
网络药理学之薛定谔Schrödinge Maestro：6、分子对接（Glide、Ligand docking）和可视化（2D Sketcher）
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本人是win11，薛定谔版本是12.9。本篇文章的示例大分子蛋白PDB ID为4KNN，小分子配体的MOL ID为MOL004004。本文部分图源来自知乎，推荐为原作者贡献阅读量捏。
基于构效关系模型的药物设计（QSAR）
发呆的比目鱼的博客
04-22 7531
基于构效关系模型的药物设计（QSAR）
薛定谔 Maestro glide命令行 小分子与蛋白对接使用流
weixin_42357472的博客
02-23 1223
【代码】薛定谔 Maestro glide命令行 小分子与蛋白对接使用流。
Maestro 薛定谔软件简单分子对接案例
weixin_42357472的博客
01-15 8509
#参考：Maestro 薛定谔软件使用：Maestro 薛定谔对接：sid=287811。
《药物设计cadd-amber-aidd-薛定谔》小白参考
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02-06 1263
教学目标：了解Amber软件历史发 展，熟悉安装环境，支撑环境编译。4 AMBER简介和安装4.1 GCC简介及安装 4.2 Open MPI简介及安装 4.3 AMBER安装运行 4.4 LIUUX操作练习。
【无标题】学习CADD-AMBER--薛定谔--代谢组学及网络药理学知识内容
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CADD专题 CADD-同源建模-蛋白-薛定谔-Amber-代谢组学及网络药理学专题学习 生物分子互作基础 1.生物分子互作用研究方法 1.1蛋白-小分子、蛋白-蛋白相互作用原理 1.2 分子对接研究生物分子相互作用 1.3 蛋白蛋白对接研究分子相互作用 蛋白数据库 PDB 数据库介绍 1.1 PDB蛋白数据库功能 1.2 PDB蛋白数据可获取资源 1.3 PDB蛋白数据库对药物研发的重要性 2.PDB 数据库的使用 2.1 靶点蛋白结构类型、数据解读及下载 2.2 靶点蛋白结构序列下载 2.3 靶点蛋
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