薛定谔分子对接、药效团、3D-QSAR

最新推荐文章于 2024-07-25 11:17:46 发布
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文章来源公众号：科研讨论圈

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研讨会内容

内容

第一天上午

蛋白-配体相互作用
  1. 分子对接基础、原理及对接软件介绍
  2. 分子对接软件（薛定谔) 使用

   2.1半柔性对接

      2.1.1  小分子配体优化准备

      2.1.2  蛋白受体优化及坐标文件准备
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Hbaixue
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分子对接|使用Schrödinger中的Glide模块进行分子对接
lijingxiaov5的博客
04-11 1780
需要具体问题具体分析，一般只需要进行盒子中心位点选择和盒子尺寸设置即可。其他根据项目的具体情况根据上述参数说明进行参数设置即可。最终可生成glide-grid_1.zip的盒子信息文件。
分子动力学模拟软件_分子模拟软件Discovery Studio教程(十三)：构建PLS模型（3D-QSAR）...
weixin_39525255的博客
12-10 1428
Discovery Studio™ (简称DS)是专业的生命科学分子模拟软件，DS目前的主要功能包括：蛋白质的表征（包括蛋白-蛋白相互作用）、同源建模、分子力学计算和分子动力学模拟、基于结构药物设计工具（包括配体-蛋白质相互作用、全新药物设计和分子对接）、基于小分子的药物设计工具（包括定量构效关系、药效团、数据库筛选、ADMET）和组合库的设计与分析等。3D-QSAR 方法更能间接反映配体小分子和...
基于3D-QSAR的三环胍类似物在抗疟疾方面的研究
onetwotwothree_的博客
04-14 222
摘要：某些科学家和将大数据提取整理到公共数据库这一过程都需要对文本进行数据挖掘，科学出版物的大量发行则要求可以实现半自动和全自动文本挖掘。作者开发了一种文档分类器，可以成功区分“类化学物” (即与小分子药物发现相关且可能包含定量生物活性数据的出版物)和“非类化学物”。 DS QSAR，DS QSAR+：定量构效关系研究工具。可以计算接近千种与生物活性或ADME/T性质相关的描述符，包括分子拓扑描述符、分子指纹在内的一系列基本性质。同时可以调用半经验量子力学程序VAMP计算与电子相关的描述符。还提供了多
计算机药物设计---分子对接--薛定谔--AUTODOCK等案例解析
YHJX57的博客
04-06 6610
生物分子互作基础 1.生物分子互作用研究方法 1.1蛋白-小分子、蛋白-蛋白相互作用原理 1.2 分子对接研究生物分子相互作用 1.3 蛋白蛋白对接研究分子相互作用 蛋白数据库 1. PDB 数据库介绍 1.1 PDB蛋白数据库功能 1.2 PDB蛋白数据可获取资源 1.3 PDB蛋白数据库对药物研发的重要性 2.PDB 数据库的使用 2.1 靶点蛋白结构类型、数据解读及下载 2.2 靶点蛋白结构序列下载 2.3 靶点蛋白背景分析及相关数据资源获取途径 2.4 批量下载蛋白晶体结构 蛋白结构分析 1. Py
薛定谔 | 分子药效团构建
药研猿的博客
10-20 1707
部分有两个选项，第一个选项是程序对输入的配体集进行自动叠合，这种情况下默认是没有进行构象搜索，因此当选中第一个后，页面下方产生构象的选项可以勾选。第二个选项意思是这些小分子是预先叠合好的，因此它们就不能再进行构象搜索，否则会对预先叠合结果产生影响，因此当选中第二个选项后，页面下方产生构象的选项就无法勾选。基于受体-配体复合物产生药效团和第一种情况类似，但需要对复合物进行预处理。在左侧需要提前选中所有的配体分子。，设置每个配体分子产生构象个数。
薛定谔 | 用药效团模型筛选药物
药研猿的博客
10-20 1378
药效团筛药
一维定态薛定谔方程数值解定性讨论-源码
09-30
在物理学领域，特别是量子力学，一维定态薛定谔方程是描述粒子在静态势场中运动状态的基本数学工具。这个方程是量子力学的基础之一，它将粒子的波函数与能量、动量和势能等物理量联系起来。在实际应用中，由于解析解...
3D-Q_Schrodinger3D_demo.zip
09-18
3D-Q_Schrodinger3D_demo.zip,三维时间无关的薛定谔方程求解器,3D建模使用专门的软件来创建物理对象的数字模型。它是3D计算机图形的一个方面，用于视频游戏，3D打印和VR，以及其他应用程序。
2021年宏观经济展望：薛定谔的猫-首创证券-20201209精品报告2020.pdf
04-24
2021年宏观经济展望：薛定谔的猫-首创证券-20201209精品报告2020.pdf
HermiteEig:薛定谔问题的MATLAB应用-matlab开发
06-01
在MATLAB环境中，HermiteEig工具箱是专门用于解决薛定谔方程（Schroedinger Equation）的一种高效算法。薛定谔方程是量子力学中的基本方程，描述了粒子系统的量子态随时间演化的行为。在这个特定的案例中，...
Open3DQSAR-开源
04-27
Open3DQSAR是一个免费的开放源代码工具，用C语言编写，旨在通过对分子相互作用域（MIF）进行高通量化学计量分析来探索药效团。
实验二十一：用变形的Crank-Nicolson公式解一维运动粒子贯穿势垒的薛定谔方程
03-15
用变形的Crank-Nicolson公式解一维运动粒子贯穿势垒的薛定谔方程. 使用Python画出动态图
分子动力学模拟软件_分子模拟软件Discovery Studio教程(九)：具有活性预测能力3D-QSAR药效团模型评估...
weixin_39590566的博客
12-05 1154
Discovery Studio™ (简称DS)是专业的生命科学分子模拟软件，DS目前的主要功能包括：蛋白质的表征（包括蛋白-蛋白相互作用）、同源建模、分子力学计算和分子动力学模拟、基于结构药物设计工具（包括配体-蛋白质相互作用、全新药物设计和分子对接）、基于小分子的药物设计工具（包括定量构效关系、药效团、数据库筛选、ADMET）和组合库的设计与分析等。在前面的文章中，利刃君为大家带来了使用Dis...
薛定谔 Maestro glide命令行 小分子与蛋白对接使用流
weixin_42357472的博客
02-23 571
【代码】薛定谔 Maestro glide命令行 小分子与蛋白对接使用流。
CADD计算机辅助药物设计+先导化合物筛选+薛定谔专题+分子动力学模拟
Waitingyx的博客
07-19 2169
计算机辅助药物设计是通过计算机模拟、计算和预算药物与受体生物大分子之间的关系，设计和优化先导化合物的方法；近年来，计算机辅助药物设计已经取得一定成就，特别是在新冠肺炎爆发后，很多研究机构和企业采用计算机辅助药物设计方法辅助进行了很多研究工作。在新型冠状病毒的治疗方案中，通过同源建模方法发布了新冠病毒的三维结构，通过药物靶标预测、筛选出针对新型冠状病毒的药物，通过一系列计算机辅助药物生物计算的方法发现一大类药物分子可以有效阻止新冠病毒的侵染，为治疗新冠提供了新机理和新思路。应新老客户的培训需求，北京软研国际信
Schrodinger Maestro分子对接详细教程 薛定谔软件 薛定谔 Maestro对接
GHZ2443063059的博客
08-08 9145
chrodinger是药物发现的完整软件包，包括：基于受体和配体结构的诱导契合和柔性对接模式；基于受体结构及配体极性的对接模式；基于受体结构及溶液环境性质的对接模式；组合化学库设计及基于组合库的对接模式；基于配体结构的药物设计，药效团和3D-QSAR；生物分子结构模拟，蛋白、糖、核酸、小肽等；基于靶点的药物设计；ADME性质预测；
《药物设计cadd-amber-aidd-薛定谔》小白参考
y2715163545的博客
02-06 955
教学目标：了解Amber软件历史发 展，熟悉安装环境，支撑环境编译。4 AMBER简介和安装4.1 GCC简介及安装 4.2 Open MPI简介及安装 4.3 AMBER安装运行 4.4 LIUUX操作练习。
薛定谔 | 分子对接及基于受体的虚拟筛选
药研猿的博客
10-20 4892
在正常准备蛋白的步骤中弹出了蛋白质中一些位置可变的残基（如下图所示），选中任意一种残基，点击next position会展现出这个残基可能的其他构象，点击commit即选定这个位置，表格中的数字表示这种位置的残基可能的概率大小，当所有残基都commit后，再点击update，将选定的这一组氨基酸的定位给固定下来（当然每个残基要选哪一个残基要靠自己的判断进行适当的取舍，对于不在活性口袋的可变残基可忽略其可变的位置。输入PDB ID获取。鼠标点击蛋白-配体复合物中的配体分子即可生成下图所示的格点盒子。
用于自动驾驶的基于立体视觉的语义 3D 对象和自我运动跟踪
最新发布
weixin_45761399的博客
07-25 813
我们提出了一种基于立体视觉的方法，用于在动态自动驾驶场景中跟踪相机自我运动和 3D 语义对象。我们建议使用。
薛定谔软件如何进行分子对接
06-10
薛定谔软件(Schrodinger)提供了多个分子对接工具，其中较为常用的是Glide和Docking等。以下是Glide和Docking进行分子对接的基本步骤： 1. Glide分子对接： - 打开Schrodinger软件并加载配体和受体分子结构。 - 在主菜单栏中选择“Glide”>“Ligand Docking”。 - 在Glide对接向导中，设置对接相关参数，例如搜索方式、打分函数等。 - 点击“Run”按钮开始对接计算。 - 对接结果可以在Glide工作区中查看和分析。 2. Docking分子对接： - 打开Schrodinger软件并加载配体和受体分子结构。 - 在主菜单栏中选择“Docking”>“Ligand Docking”。 - 在Docking对接向导中，设置对接相关参数，例如搜索方式、打分函数等。 - 点击“Run”按钮开始对接计算。 - 对接结果可以在Docking工作区中查看和分析。 以上仅是分子对接的基本步骤，具体操作细节和参数设置需要根据具体情况进行调整。另外，分子对接是一个复杂的计算过程，需要充分理解原理和使用方法，以获得准确的结果。
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