对接的过程中会考虑如下因素:
- 形状互补
- 亲疏水性
- 表面电荷分布
两种蛋白质-蛋白质分子对接:
- Rigid Docking 刚性对接–目前可用的大多数软件为刚性对接。
- Flexible Docking 柔性对接–计算量大,可用软件少,且多为收费软件。
蛋白质相互作用常用对接软件
- ZDOCK
- GRAMM-X
输出值都为多个对接状态(根据能量高低排序,能量低的排名靠前)。结果可用VMD查看。
文章来源:公众号:科研讨论圈
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名称 |
内容 |
生物分子互作基础 |
1.生物分子互作用研究方法 1.1蛋白-小分子、蛋白-蛋白相互作用原理 1.2 分子对接研究生物分子相互作用 1.3 蛋白蛋白对接研究分子相互作用 |
蛋白数据库 |
1. PDB 数据库介绍 1.1 PDB蛋白数据库功能 1.2 PDB蛋白数据可获取资源 1.3 PDB蛋白数据库对药物研发的重要性 2.PDB 数据库的使用 2.1 靶点蛋 |