Anndata: AttributeError: ‘DataFrame’ object has no attribute ‘dtype’

背景

在使用anndata做切片时，比如下面这样的例子

sub_rna = rna[:10] # rna is anndata

出现如下报错：

AttributeError: ‘DataFrame’ object has no attribute ‘dtype’

解决方法

常见的报错原因就是anndata中某些数据(属性)名字重复了，比如我这个anndata里，rna.var 里有两个"gene_id"，只需要完全删掉重复的数据就行了，或者给这俩数据改个不同的名字，我这里因为留着也没啥用，所以直接都删掉了，代码如下：

del rna.var['gene_id']
rna

当然出现上述报错的不止这一种原因，我还碰见过一种原因是由于pandas版本的问题，这种的只需要更新下pandas就可以了

pip install --upgrade pandas