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生信的作用越来越大，想学的人越来越多，不管是为了以后发展，还是为了解决眼下的问题。但生信学习不是一朝一夕就可以完成的事情，也许你可以很短时间学会一个交互式软件的操作，却不能看完程序教学视频后就直接写程序。也许你可以跟着一个测序分析流程完成操作，但不懂得背后的原理，不知道什么参数需要修改，结果可以出来，却把我不住对还是错。
学习生信从来就不是一个简单的事，需要做好持久战的心理准备。
在学习时，我们都希望由浅入深的逐步深入，不断地练习和实践，这就是为什么我们需要一本书，因为书很系统。但生信发展的历史短于计算机编程的历史，如果想要一门程序设计的入门数据，每种语言都可以找到几本。但想要一个囊括生信的书，就有些难了。本身生信跨领域，需要多学科的知识，而其内部又有不少分子，都囊括了太大，包括的少又有些隔靴搔痒的感觉。
我们当时都是零基础下自学Linux, 自学Python，自学R，自学高通量测序；这些学习经历，之前都零星地记录在博客里。现在回头去看几年前自己记录的东西，觉得好简单，而当时却费了很大的力气。这些零星的随手记，当时也只是为了自己看，到现在确实只有自己能看得懂，不便惠及更多的人。
因此我们创建了生信宝典，希望从不同的角度传播知识。这个不同有三点含义，一是形式上的不同，摒弃之前主编们单人作战想写啥就写啥，而是有组织有计划的内容聚合，提供一系列的教程，由入门到提高。二是内容的不同，不去用网上现有教程的通用数据做例子，而是拿实际生物数据，讲述如何解释生信中普遍碰到的问题，讲述如何处理自己的数据。三是立足点不同。在写作时，我们回到了当年，在回忆中用整个阶段的学习去指导当初的那个小白，从那些会了的人觉得微不足道而不会的人又迈不过的坎入手，直击痛点。知识点的收录依据不是是否炫酷，是否难，而是是否必要。如果必要，再简单，也要提及；如果不必要，再炫酷，也暂不纳入。
通过大量的生信例子、关键的注释和浓缩的语句形成下面的一系列学习教程。每一篇内容都不多，可以当做小说阅读，也可以跟着去练，反复几遍，每读一次都会有不同的收获和体会。
程序学习心得
Linux 学习
- 文件和目录
- 文件操作
- 文件内容操作
- 环境变量和可执行属性
- 管道、标准输入输出
- 命令运行监测和软件安装
- 常见错误和快捷操作
- 文件列太多，很难识别想要的信息在哪列？
- 文件排序和FASTA文件操作
- 用了Docker，妈妈再也不担心我的软件安装了 - 基础篇
- Linux服务器数据定期同步和备份方式
- 不用Linux也可以的强大文本处理方法
- 又双叒叕一个软件安装方法
- 查看服务器配置信息
R统计和作图
- 入门环境Rstudio
- 热图绘制 (heatmap)
- 基础概念和矩阵操作
- 热图简化
- 热图美化
- 线图绘制
- 线图一步法
- 箱线图（小提琴图、抖动图、区域散点图）
- 箱线图一步法
- 火山图
- 富集分析泡泡图 （文末有彩蛋）
- 散点图绘制
- 一文看懂PCA主成分分析
- 富集分析DotPlot，可以服
- 韦恩图
- 柱状图
- 图形设置中英字体
- 教师节献礼 - 文章用图的修改和排版
- 非参数法生存分析
- 文章用图的修改和排版(2)
NGS基础
- NGS基础 - FASTQ格式解释和质量评估
- NGS基础 - 高通量测序原理
- NGS基础 - 参考基因组和基因注释文件
- NGS基础 - GTF/GFF文件格式解读和转换
- 本地安装UCSC基因组浏览器
- 测序数据可视化 (一)
- 测序文章数据上传找哪里
NGS分析工具评估
癌症数据库
Python学习
- Python学习极简教程 （一）
- Python学习教程（二）
- Python学习教程（三）
- Python学习教程 （四）
- Python学习教程（五）
- Python学习教程 （六）
- Pandas，让Python像R一样处理数据，但快
- Python解析psiBlast输出的JSON文件结果
NGS软件
Cytoscape网络图
分子对接
生信宝典之傻瓜式
生信人写程序
小技巧系列
友情链接流程
宏基因组 - 扩增子分析流程
- 质控,实验设计,双端序列合并 查看原始数据的质量，编写合格的实验设计用于分析，双端序列合并为单端的扩增子序列；
- 提取barcode,质控及样品拆分,切除扩增引物 将Barcode序列从序列中拆除，筛选高质量的测序结果并标记文库中每条序列中的样品来源，最后切除扩增时使用的引物；
- 格式转换,去冗余,聚类 转换QIIME生成fasta格式为Usearch要求格式；使用Usearch对序列去冗余并筛选高丰度，极大降低下游计算量和去除噪音；最后使用用Usearch聚类生成OTU，默认会组内自动去除大量嵌合体；
- 去嵌合体,非细菌序列,生成代表性序列和OTU表 本讲详细讲了嵌合体的概念，并使用参考数据库去除嵌合体；学习基于参数数据库筛选细菌序列，这些都是可选的操作，根据实际情况决定是否需要，最终生成高质量的OTU序列作为参考序列；
- 物种注释,OTU表操作 这部分采于不同数据库进行细菌或真菌注释；同时根据实际情况，对OTU表进一步按样品、丰度、物种等条件筛选；
- 进化树,Alpha,Beta多样性 将OTU多序列比对生成进化树，为依赖进化关系的计算方法提供输入文件；再进行多种Alpha和Beta多样性的计算；
- 物种分类统计,筛选进化树和其它 对物种进行分类统计,筛选高丰度结果用于进化树展示，和其它用于R统计分析的结果生成。
生信媛 - Biostar handbook
- 手把手教你入门生信——The Biostar Handbook
- 课程1、2-Linux中生信分析常用命令入门
- 课程3、4-NCBI的Entrez Direct和SRA toolkit的安装及使用
- 课程5、6-编写可重复使用的脚本
- 课程7、8-二代测序质控：fastqc、prinseq、trimmomatic、seqtk
- 课程9、10-测序文件的质控&在线序列比对
- 课程11、12-下载序列，建blast数据库以及本地blast
- 课程13、14-常用的mapping软件bwa & sam格式简介
- 课程15、16-samtools简介&利用readseq对GenBank文件格式转换
- 课程17、18-awk进行简单的编程&序列比对软件bwa和bowtie2
- 课程19、20-利用samtools mpileup和bcftools进行SNP calling
- 课程21、22-使用samtools和FreeBayes进行变异的calling并用snpEff注释
- 课程23、24-SNP calling
- 课程25、26-bedtools的安装和使用
- 课程27、28-RNAseq分析
- 课程29、30（大结局）-差异表达分析以及用ErmineJ做GO
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