从本周开始,我们公众号开始转载生信媛徐洲更的一组推文,推出一组转录组生信分析入门教程。基本是从零开始,希望对刚入门生信或者想入门生信分析的同学有所帮助。
首先,你需要准备好两件事情:1.Linux环境,实验室有服务器或者自己有个配置比较好的电脑;2.能根据网上教程,自学些生信基础知识(文件管理,软件安装,R语言基本命令,后面要画图)。比如有个PCR仪和自学PCR引物设计原理。不要害怕,不会让你从头造一个PCR仪,也不会让你自己合成引物。熟悉一个新的操作系统和软件使用,并不是一个可怕的事情,但是学习也从来不是一个轻松的过程。好了,我们开始吧。
我们第一周目标有三个:
熟悉Linux环境
登录服务器
Linux基本命令
PATH的意义
学习conda管理环境
如何在conda中添加channel
如何用conda安装和卸载软件
如何创建新的环境和切换环境
数据准备
参考序列
注释信息
测序数据
首先,对于Linux环境,能有服务器最好。实在不行Windows10用户可以安装WSL,MacOS请在应用程序中搜索终端,参照下面链接进行配置:
Windows10配置
WSL: https://linux.cn/article-9