pdb文件的盐键如何计算

最新推荐文章于 2024-08-12 20:46:44 发布

wxid_5ksj33htorzc22

最新推荐文章于 2024-08-12 20:46:44 发布

阅读量637

点赞数 1

版权

分子动力学模拟中氢键和盐键是计算比较多的作用力，在gromacs中氢键的计算非常容易，然而盐键的计算却是没有那么容易的。分子内的盐键定义为酸性氨基酸（天冬氨酸和谷氨酸）侧链羧基电离出来的带负电氧原子与碱性氨基酸（赖氨酸和精氨酸）侧链接受质子带正电的氮原子之间小于等于4埃距离。众所周知，氨基酸属于两性化合物，既带正电荷也带负电荷，这是因为所有的氨基酸至少有一个羧基和一个氨基，羧基容易失去氢成为氧负离子，氨基容易得到氢成为带正电荷铵盐，当带负电荷的氧和带正电荷的氨在一定接触距离时，则会产生电荷吸引作用，俗称盐键，跟氯化钠成键有点类似。

pdb文件原子坐标及标记：

ATOM    861 N   LYS A 56       3.460 11.667 -7.865 1.00 0.00           N
ATOM    862 H   LYS A 56       4.282 12.198 -7.615 1.00 0.00           H
ATOM    863 CA LYS A 56       3.636 10.245 -8.276 1.00 0.00           C
ATOM    864 HA LYS A 56       2.991 10.014 -9.123 1.00 0.00           H
ATOM    865 CB LYS A 56       5.094 10.007 -8.691 1.00 0.00           C
ATOM    866 HB2 LYS A 56       5.274 10.478 -9.657 1.00 0.00           H
ATOM    867 HB3 LYS A 56       5.756 10.446 -7.945 1.00 0.00           H
ATOM    868 CG LYS A 56       5.370   8.504 -8.797 1.00 0.00           C
ATOM    869 HG2 LYS A 56       5.580   8.103 -7.806 1.00 0.00           H
ATOM    870 HG3 LYS A 56       4.496   8.003 -9.213 1.00 0.00           H
ATOM    871 CD LYS A 56       6.576   8.268 -9.709 1.00 0.00           C
ATOM    872 HD2 LYS A 56       6.319   8.548 -10.731 1.00 0.00           H
ATOM    873 HD3 LYS A 56       7.414   8.875 -9.367 1.00 0.00           H
ATOM    874 CE LYS A 56       6.968   6.789 -9.669 1.00 0.00           C
ATOM    875 HE2 LYS A 56       7.065   6.467 -8.632 1.00 0.00           H
ATOM    876 HE3 LYS A 56       6.198   6.196 -10.162 1.00 0.00           H
ATOM    877 NZ LYS A 56       8.269   6.597 -10.372 1.00 0.00           N
ATOM    878 HZ1 LYS A 56       8.983   7.146 -9.915 1.00 0.00           H
ATOM    879 HZ2 LYS A 56       8.526   5.621 -10.344 1.00 0.00           H
ATOM    880 HZ3 LYS A 56       8.179   6.895 -11.333 1.00 0.00           H
ATOM    881 C   LYS A 56       3.275   9.361 -7.077 1.00 0.00           C
ATOM    882 O   LYS A 56       2.583   8.376 -7.218 1.00 0.00           O
ATOM    325 N   ARG A 22      -6.936 -7.282 10.086 1.00 0.00           N
ATOM    326 H   ARG A 22      -7.025 -8.287 10.049 1.00 0.00           H
ATOM    327 CA ARG A 22      -6.696 -6.639 11.416 1.00 0.00           C
ATOM    328 HA ARG A 22      -7.438 -5.862 11.598 1.00 0.00           H
ATOM    329 CB ARG A 22      -6.807 -7.692 12.524 1.00 0.00           C
ATOM    330 HB2 ARG A 22      -6.550 -8.671 12.120 1.00 0.00           H
ATOM    331 HB3 ARG A 22      -6.120 -7.441 13.332 1.00 0.00           H
ATOM    332 CG ARG A 22      -8.240 -7.723 13.063 1.00 0.00           C
ATOM    333 HG2 ARG A 22      -8.713 -6.756 12.893 1.00 0.00           H
ATOM    334 HG3 ARG A 22      -8.805 -8.499 12.547 1.00 0.00           H
ATOM    335 CD ARG A 22      -8.217 -8.022 14.564 1.00 0.00           C
ATOM    336 HD2 ARG A 22      -9.119 -8.561 14.854 1.00 0.00           H
ATOM    337 HD3 ARG A 22      -7.341 -8.620 14.815 1.00 0.00           H
ATOM    338 NE ARG A 22      -8.158 -6.743 15.329 1.00 0.00           N
ATOM    339 HE ARG A 22      -8.988 -6.332 15.732 1.00 0.00           H
ATOM    340 CZ ARG A 22      -7.016 -6.128 15.491 1.00 0.00           C
ATOM    341 NH1 ARG A 22      -6.188 -6.521 16.424 1.00 0.00           N
ATOM    342 HH11 ARG A 22      -6.434 -7.300 17.018 1.00 0.00           H
ATOM    343 HH12 ARG A 22      -5.306 -6.044 16.546 1.00 0.00           H
ATOM    344 NH2 ARG A 22      -6.702 -5.120 14.719 1.00 0.00           N
ATOM    345 HH21 ARG A 22      -7.344 -4.820 13.999 1.00 0.00           H
ATOM    346 HH22 ARG A 22      -5.819 -4.646 14.846 1.00 0.00           H
ATOM    347 C   ARG A 22      -5.306 -6.007 11.452 1.00 0.00           C
ATOM    348 O   ARG A 22      -4.318 -6.622 11.089 1.00 0.00           O
ATOM    455 N   GLU A 30       0.216   0.647   1.570 1.00 0.00           N
ATOM    456 H   GLU A 30       0.002   1.621   1.410 1.00 0.00           H
ATOM    457 CA GLU A 30       1.496   0.100   1.013 1.00 0.00           C
ATOM    458 HA GLU A 30       1.290 -0.703   0.306 1.00 0.00           H
ATOM    459 CB GLU A 30       2.249   1.219   0.279 1.00 0.00           C
ATOM    460 HB2 GLU A 30       3.150   0.805 -0.175 1.00 0.00           H
ATOM    461 HB3 GLU A 30       1.607   1.630 -0.500 1.00 0.00           H
ATOM    462 CG GLU A 30       2.637   2.332   1.263 1.00 0.00           C
ATOM    463 HG2 GLU A 30       2.291   3.289   0.873 1.00 0.00           H
ATOM    464 HG3 GLU A 30       2.168   2.142   2.229 1.00 0.00           H
ATOM    465 CD GLU A 30       4.161   2.371   1.434 1.00 0.00           C
ATOM    466 OE1 GLU A 30       4.688   1.508   2.119 1.00 0.00           O
ATOM    467 OE2 GLU A 30       4.775   3.266   0.880 1.00 0.00           O
ATOM    468 C   GLU A 30       2.386 -0.462   2.135 1.00 0.00           C
ATOM    469 O   GLU A 30       3.200 -1.339   1.902 1.00 0.00           O
ATOM    531 N   ASP A 35       7.481 -7.299   1.571 1.00 0.00           N
ATOM    532 H   ASP A 35       7.740 -7.895   2.344 1.00 0.00           H
ATOM    533 CA ASP A 35       8.572 -6.743   0.705 1.00 0.00           C
ATOM    534 HA ASP A 35       8.707 -5.680   0.905 1.00 0.00           H
ATOM    535 CB ASP A 35       9.887 -7.469   1.005 1.00 0.00           C
ATOM    536 HB2 ASP A 35       9.778 -8.046   1.923 1.00 0.00           H
ATOM    537 HB3 ASP A 35      10.128 -8.141   0.181 1.00 0.00           H
ATOM    538 CG ASP A 35      11.015 -6.445   1.176 1.00 0.00           C
ATOM    539 OD1 ASP A 35      11.445 -5.890   0.176 1.00 0.00           O
ATOM    540 OD2 ASP A 35      11.432 -6.235   2.304 1.00 0.00           O
ATOM    541 C   ASP A 35       8.219 -6.927 -0.777 1.00 0.00           C
ATOM    542 O   ASP A 35       8.435 -6.041 -1.584 1.00 0.00           O
如上标红原子为碱性氨基酸侧链带正电的氮原子集团以及酸性氨基酸侧链带负电荷的氧原子集团。这些带不同电荷的集团之间会形成盐键（盐桥或者离子键）其他一些弱电离的侧链集团也可以形成较弱的盐键，但这种盐键在动力学模拟中的持续性不强，因此没有统计。

一、获取Asp(OD2原子)/Glu(OE2原子)与Lys(NZ原子)/Arg(NH1原子)的坐标

f1 = open("/home/lxh/Documents/Lysin/PDB_Thermal_stable/PDB_A_chain/已跑/4/1QQV.pdb","r")
base = []
acid = []
for a in f1.readlines():
  b = a.split()
  if (b[0] == "ATOM"):
    if(b[3] == "LYS"):
      if (b[2] == "NZ"):
        base.append((b[6],b[7],b[8]))
    elif (b[3] == "ARG"):
      if (b[2] == "NH1"):
        base.append((b[6],b[7],b[8]))
    elif (b[3] == "GLU"):
      if (b[2] == "OE2"):
        acid.append((b[6],b[7],b[8]))
    elif (b[3] == "ASP"):
      if (b[2] == "OD2"):
        acid.append((b[6],b[7],b[8]))

f1.close()

二、计算pdb中Asp/Glu与Lys/Arg的盐键距离和数量

i = 0
dis1 = []
for a in base:
  for b in acid:
    dis = ((float(a[0]) - float(b[0])) ** 2 + (float(a[1]) - float(b[1])) ** 2 + (float(a[2]) - float(b[2])) ** 2) ** 0.5
    dis1.append(dis)
    if dis <= 6:
      print(dis)
      i += 1

wxid_5ksj33htorzc22

关注

1
点赞
踩
0

收藏

觉得还不错? 一键收藏
0
评论
pdb文件的盐键如何计算

众所周知，氨基酸属于两性化合物，既带正电荷也带负电荷，这是因为所有的氨基酸至少有一个羧基和一个氨基，羧基容易失去氢成为氧负离子，氨基容易得到氢成为带正电荷铵盐，当带负电荷的氧和带正电荷的氨在一定接触距离时，则会产生电荷吸引作用，俗称盐键，跟氯化钠成键有点类似。这些带不同电荷的集团之间会形成盐键（盐桥或者离子键）。
复制链接

扫一扫