分子对接时常见的一些报错解决----金属离子错误

一、问题描述 

在使用autodock vina进行分子对接前，我们第一步就需要读取受体文件，然后去配体、去水、加氢、加电荷等一系列操作，最后生成分子对接时需要的预处理pdbqt类型文件。然而有时候真的是“出师未捷身先死”，在文件读取这一步就开始报错。

图一

图二

二、问题分析

      如图一，这里面我们看到显示的是166号分子ZN离子参数报错，从下面的报错分析来看应该是读取参数转化为数字型时报错，那么原因就明了，读取的数字型参数中混杂了非数字型——字母型；如图二所示，报错显示不识别的分子Z，这里虽然没有显示分子Z的行号，我们通过删除ZN离子这一行不报错的情况来看的话，应该还是166号金属分子出了问题。

三、问题解决

     我的第一反应是不是分子对接的力场中不存在ZN离子的力场参数，因此如图三我们打开力场AD4_parameters.dat参数文件，发现ZN（Zn）参数是在文件中的，而且名称也没有问题。只能从其他方面考虑了。

     如下图四所示，我们通过对比不同行的数据格式，如数据长度，空格数目等，发现每行的总长度基本一致，但是前面原子序号、原子类型、分子序号的长度等是一个变化的值，因此空格也是随着序号的增长而有所调整，加之出现图二所示不能识别的Z，因此我们删除了ZN前的一个空格，使其读取多读取一个N，这样有可能会凑成一个完整的、可识别的ZN原子，保存修改后，我们重新打开pdb文件，没有报错，如图五所示，表明我们的修改是正确的。

图三

图四

图五

分子对接时常见的一些报错解决