python cooler包处理Hi-C数据

Cooler - Package for efficient storage of and access to sparse 2D data

Cooler是HDF5中具有相同轴的基因组标记稀疏2D阵列（矩阵）的数据模型的实现。它也是支持该格式的Python包的名称。

基因组标记数组指的是一种数据结构，该数据结构将唯一的定量值分配给从参考基因组集合的区间分区获得的基因组箱元组。bins的元组构成数组元素的坐标。通过省略具有零值或无值的元素，表示变得稀疏。

Cooler设计用于以任何分辨率存储和操作超大的Hi-C数据集，但不限于以任何方式存储和操作Hi-C的数据。

###安装
conda install -c conda-forge -c bioconda cooler
# pip install cooler

### 生成contact矩阵
# Create a cooler from genomic pairs and bins
cooler cload pairix /home/zheng/HiC_data/hg38/hg38.chrom.sizes:50000 test.select.pairs.gz test.output.cool

###标准化
cooler balance test.output.cool

### cooler读取cool文件
cooler dump -t pixels --header --join -r chr8 test.output.cool

### 生成不同分辨率的cooler文件
cooler zoomify test.output.cool # 生成test.output.mcool

参考：

https://cooler.readthedocs.io/en/latest/datamodel.html