按指定条件筛选PDB结构

qq_27390023

于 2024-09-11 20:21:40 发布

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文章标签： python 生物信息学

本文链接：https://blog.csdn.net/qq_27390023/article/details/142148666

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本示例代码将从一列的pdb id集合中根据结构分子类型、分辨率、结构解析方法，多肽链数目，以及总的氨基酸数目限制筛选出所需要的结构。

1. 安装 `biopython` 和 `requests`：

pip install biopython requests

2. 网站下载并筛选pdb

from Bio.PDB import PDBList, PDBParser
import requests

# 筛选条件
RESOLUTION_THRESHOLD = 3.5  # 分辨率小于3.5Å
MAX_AMINO_ACID_COUNT = 10000  # 总氨基酸数目不超过10000

def get_pdb_metadata(pdb_id):
    """通过 PDB ID 获取结构解析方法、分辨率等信息"""   
    url = f"https://data.rcsb.org/rest/v1/core/entry/{pdb_id}" 
    response = requests.get(url) 
    if response.status_code != 200:
        return None
    data = response.json()
    
    # 解析分辨率和方法
    resolution = data.get("rcsb_entry_info", {}).get("resolution_combined", [None])[0]
    method = data.get("exptl", [{}])[0].get("method")
    return resolution, method

def count_chains_and_residues(pdb_file):
    """解析 PDB 文件，返回多肽链数目和总氨基酸数目"""
    parser = PDBParser(QUIET=True)
    structure = parser.get_structure("PDB_structure", pdb_file)   
    total_residues = 0
    chain_count = 0   
    # for model in structure: 处理所有的模型
    for model in structure[0]:  # 只处理第一个模型