Biopython提取和分离复合体PDB文件中所有链的结构信息

从蛋白质复合体的 PDB 文件中提取每个链的结构信息，并保存成单独的pdb文件。

示例代码

from Bio import PDB

def extract_chain_sequences(pdb_file, output_dir):
    """
    从PDB文件中提取所有链的序列，并保存为独立的PDB文件。
    
    :param pdb_file: 蛋白质复合体PDB文件路径
    :param output_dir: 输出目录，用于保存各链的PDB文件
    """
    parser = PDB.PDBParser(QUIET=True)
    structure = parser.get_structure('complex', pdb_file)
    
    io = PDB.PDBIO()
    for model in structure:
        for chain in model:
            chain_id = chain.get_id()
            chain_pdb_file = f"{output_dir}/{chain_id}.pdb"
            io.set_structure(chain)
            io.save(chain_pdb_file)
            print(f"Saved chain {chain_id} to {chain_pdb_file}")

# 示例用法
pdb_file = '/Users/zhengxueming/test/pdb_files/1a15.pdb'  # 你的复合体PDB文件
output_dir = '/Users/zhengxueming/test/pdb_files/chains_pdb'  # 输出目录
extract_chain_sequences(pdb_file, output_dir)

​​​​​​​代码解读

1. io = PDB.PDBIO()：

   • 这行代码创建了一个PDBIO对象，这个对象用于将蛋白质结构数据写入 PDB 文件。

2. io.set_structure(chain)：

   • 将当前链设置为要写入 PDB 文件的结构。这里只将单个链设置为要写入的结构，而不是整个蛋白质结构。

3. io.save(chain_pdb_file)：

   • 使用PDBIO对象将当前链保存到指定的 PDB 文件中。