AlphaFold蛋白质结构数据库介绍

AlphaFold Protein Structure Database (AlphaFold DB) 是 DeepMind + EMBL-EBI 合作开发的公开蛋白质结构预测数据库，是利用 AlphaFold2/AlphaFold3 AI模型 预测的全基因组级蛋白质三维结构库。

网址： https://alphafold.ebi.ac.uk

项目	内容
主办单位	DeepMind + EMBL-EBI
上线时间	2021年7月
数据来源	UniProt 蛋白质序列 (种属覆盖广泛)
数据规模 (2024)	2.14亿条蛋白质结构 (覆盖 UniProt90%以上)
AI模型	AlphaFold2 (初版) AlphaFold-Multimer (多聚体预测) AlphaFold3 (部分功能逐步整合)
特色	① 结构覆盖率极高 ② 单体、多聚体结构预测均有 ③ 每个残基有置信度评分

AlphaFold DB 的数据特点

特征	说明
预测对象	单体蛋白质主序列 (来自 UniProt)
结构内容	预测蛋白主链和侧链原子坐标 (PDB格式)
置信度指标	pLDDT (per-residue confidence score, 0–100) PAE (Predicted Aligned Error, 对接误差矩阵)
结构质量提示	高 pLDDT (>90) → 可信主链/侧链 中等 pLDDT (70–90) → 大体可靠 低 pLDDT (<70) → 低可信 (无序/柔性区段)
多聚体结构	采用 AlphaFold-Multimer 预测 (部分条目)
版本更新	不断覆盖新种属/新序列 (同步 UniProt)

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数据库网站功能

功能	说明
Search (搜索)	输入 UniProt ID、蛋白名称、基因名称
Browse (浏览)	按种属 (如 Human, E.coli) 筛选
Structure viewer (结构可视化)	内置 Mol* 浏览器 → 高质量3D交互式结构
Download (下载)	PDB格式结构文件、JSON格式置信度、PAE矩阵