pymol安装与分子对接前预处理蛋白质

       在做分子对接前，需要对蛋白质和分子进行预处理。对蛋白质进行：去水，去配体，加氢，处理；小分子需要加氢，做能量优化。

       关于数据库：DUDE数据库上有蛋白质受体和配套的阳性、阴性配体。从DUDE数据库上下载的蛋白质和PDB数据库上下载的有所差异，但是对接使用的是蛋白质口袋，外圈的其实影响不大，DUDE上下载的受体打开看感觉基本已经处理好了，可以直接用于对接，以防万一可以用pymol打开看一眼。DUDE上下载的小分子文件也是准备好的，可以直接用。

1.pymol下载

1）pymol下载参考：

(18条消息) PyMol安装教程(Windows10+Python2.7)_blhbay的博客-CSDN博客_pymol安装 

 安装指南 — PyMOL中文教程 2022.09 文档 (chenzhaoqiang.com)

 2）报错

这里忘记截屏了，安装遇到的错误是numba和numpy版本不匹配，可以以numba的版本为基础，查看需要的python版本，如果电脑的python版本过高（我就是过高了），可以conda创建一个python版本低的环境，再下载相应的whl进行安装。

2.蛋白质预处理

DUDE数据库蛋白质还是很有限的，只有102个，大部分时候还是从PDB上下载蛋白质结构，处理过后再拿去对接。

1）下载蛋白

pdb主页网址：RCSB PDB: Homepage​​​​​​

点进主页搜索蛋白质编号，我这里搜索1w0g为例： 1）主页搜索1w0g；2）下载PDB格式文件

 3.pymol预处理蛋白质

1）去水：

pymol打开蛋白质pdb文件，点击Action-remove waters，进行去水处理

2）加氢：

点击Action-hydrogens-add 

 

 3）去配体：

点击右下角S，窗口上面会显示蛋白质序列，一般配体出现在序列最前端或是最后端 

这里的HEM是蛋白质和小分子反应的催化剂，需要保留，，MYT是天然结晶的配体小分子。

点击MYT，右边列表会出现sele，指被选中分子（或原子），

这个时候可以点击file- Export Molecule,先把配体小分子单独保存下来，这里我把小分子文件重新命名为crystal_ligand，存为mol2格式 

 

 

 保存好配体小分子后，仍然选中MYT，点击右侧sele的Action-remove atoms。删除掉配体后保存蛋白质文件，保存为pdb格式。（保存过程和保存小分子一样） 

 4）从多聚体蛋白中拆分出单体

 对接一般是使用蛋白质单体，有时候从PDB下载的蛋白质是多聚体，这时候需要从多聚体蛋白质中拆分出单体，点击右下角Selecting 左边的英文单词（一般打开是Residues，点击会有变化），让它变成Chains，这时候点击窗口中央多聚体蛋白质的其中一个单体，可以看到单体中的所有原子都被选中了，点击右侧sele的Action-remove atoms，就可以删除多聚体中的其中一个单体了。