Freesurfer学习笔记——Correcting Pial Surfaces 3.1

pial surface 的形成：white surface 扩张后会紧贴brainmask.mgz中灰质和脑脊液的强度梯度

Editing the Volume

freeview -v pial_edits_before/mri/T1.mgz \
pial_edits_before/mri/brainmask.mgz \
-f pial_edits_before/surf/lh.white:edgecolor=yellow \
pial_edits_before/surf/lh.pial:edgecolor=red \
pial_edits_before/surf/rh.white:edgecolor=yellow \
pial_edits_before/surf/rh.pial:edgecolor=red

当pial surface包含了非皮质组织时，需要进行Editing

使用PageUp和PageDown（mac：Fn+Up/Down）逐个切片浏览，pial surface（红线）white surface（黄线）；在切片157中亮对角线处，由于错误分割导致pial surface包含了一部分硬脑膜。

解决方法：

在brainmask.mgz中删除有问题的体素

步骤：

1.在工具栏中，点击Recon Edit 打开菜单：

2.将brush size（画笔）设置为合适的尺寸（建议：2）；勾选Recon editing模式（此模式笔刷值为255/橡皮擦值为1）；选择工具栏左上角按钮的第一个（波浪线Freehand）。

3.在侧面板中选中brainmask.mgz，使它高亮显示；

4.Shift+鼠标左键删除体素，结果如下图所示：

继续在其他切片上操作上述步骤，直到去除硬脑膜。 在此示例中，切片156-160应该被编辑。

撤销：Ctrl-Z或者按钮

保存：File-Save Volume或者保存按钮（保存时需注意确定需要保存的Volume在左侧突出显示）

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Regenerating the Surface

完成体素的编辑后，将需要重新生成曲面。 由于白质没有改变，因此无需重新分割volume。 您可以使用以下方法重新生成pial surface：

recon-all -autorecon-pial -subjid pial_edits_before

完成之后的157切片应该是这样：

Edits to correct pial surface extension into cerebellum

如果pial surface错误地在其边界内包含小脑，则不应手动擦除小脑！ 解决此错误的方法略有不同。 擦除小脑可能会影响aseg和以后volume配准的准确性。 要更正这种类型的错误，请创建一个名为brain.finalsurfs.manedit.mgz的新卷，并擦除其中的小脑。 要创建brain.finalsurfs.manedit.mgz，您可以复制brain.finalsurfs.mgz：

cd <subjid>/mri
cp brain.finalsurfs.mgz brain.finalsurfs.manedit.mgz

一旦brain.finalsurfs.manedit.mgz存在，就可以在freeview中打开它，并删除包含在小脑表面 pial surface的小脑体素。 如果只对对象做了这个改变，则可以使用以下命令重新处理对象：

recon-all -autorecon-pial -subjid pial_edits_before

如果您有兴趣进行此练习，请参阅“纵向教程”中的brain.finalsurfs部分。 对于所有其他非小脑脊髓表面问题，应编辑brainmask.mgz。