lammps模拟输出方式有很多,前面几篇文章也介绍过,对于模拟总体系的值一般使用thermo命令输出,而单个原子的变量值使用dump命令输出。
今天主要讨论一下体系量值的输出,使用thermo命令有两个缺点:
其一,默认情况下,thermo输出的结果存储在log.lammps文件中,在进行数据处理的时需在log.lammps中找到数据部分,复制粘贴到Origin进行绘图。
其二,对于一些波动比较大的值,thermo命令不能进行均值输出。比如摩擦力曲线,波动比较大,使用平均值输出能够得到更平滑的曲线。
1. fix ave/time语法
本文介绍另外一种数据输出命令:fix ave/time,可有效解决以上问题。
fix ave/time命令的功能是按照设定的步数对输出变量求平均值,并将平均值保存到设定文件中。
语法规则为:
fix ID group-ID ave/time Nevery Nrepeat Nfreq value1 value2 ... keyword args