r语言upsetview模拟数据_R语言之可视化④韦恩图upsetR

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R语言之可视化④点韦恩图upsetR

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个人感想：建议还是用R语言来处理韦恩图，python无论是简易程度或者美观程度都不如R语言 upsetR

正文

介绍一个R包UpSetR，专门用来集合可视化，当多集合的韦恩图不容易看的时候，就是它大展身手的时候了。

原理比较简单，做法大概分为两种，第一种是定义数据集后，画图自动取交集。第二种做法是先取交集，然后画图。绘制韦恩图的目的主要是查看数据集之间的异同。

第一种：定义数据集后直接画图取交集

library(UpSetR)

library(dplyr)

library(tidyr)

rm(list=ls())

diff

加载包和所使用的数据。

AA

AD

AP

AT

取出准备取交集的数据集们

#fromList

listinput

AP = AP$symbol,

AA = AA$symbol,

AT = AT$symbol)

library(UpSetR)

# pdf(file='upset.pdf',height = 8,width = 8)

p

# dev.off()

绘制图片

第二种：取交集后在画图

setwd("E:\\Rwork")

library(UpSetR)

require(ggplot2);

require(plyr);

require(gridExtra);

require(grid);

input

'cancer1'= 1578,

'cancer2' = 1284,

'cancer3' = 2488,

'cancer1&cancer2' =205,

'cancer1&cancer3' = 828,

'cancer2&cancer3' =589,

'cancer1&cancer2&cancer3' =120

)

data

p1

sets = c('cancer1',

'cancer2' ,

'cancer3'),

keep.order = TRUE,

# number.angles = 30,

point.size = 5,

line.size = 1.3,

mainbar.y.label = "IntersectionSize",

sets.x.label = "",

mb.ratio = c(0.60, 0.40),

text.scale = c(4, 4, 0.5, 0.5,3, 4))

p1