用R做物种丰度抽平

在计算群落多样性指数之前，我们会先把获得的丰度数据抽平。

为什么抽平？

抽平是指把所有要分析的群落丰度处于相同深度下，即各群落总物种丰度相同。这样可以让要分析的群落处于同一水平进行分析，大大减少误差。因此，抽平的深度就不能大于最小丰度群落的总丰度值。我们也通常把最小丰度值作为抽平的深度。

改过程依然在生态学最常用的包里进行。

###抽平
#首先我们需要加载vegan包
library(vegan) 
#加载群落总表，行标题是群落名称，列标题是群落中物种名称，统计值为谋群落中某物种的数量
otu = read.table('total.txt', header=T, sep="\t", quote = "", row.names=1,
comment.char="",stringsAsFactors = FALSE) 
#查看抽平前的每个群落的总丰度
colSums(otu)
#以最小丰度值为依据，进行抽平
otu_Flattening = as.data.frame(t(rrarefy(t(otu), min(colSums(otu)))))
#查看抽平后的每个群落的总丰度
colSums(otu_Flattening)
#将抽平后的群落信息表保存到该工作目录，准备后面的多样性分析
#结果导出
write.table (otu_Flattening, file ="totalcp.csv",sep =",", quote =FALSE)