抽平:指按照一定数量或样本序列最低数量,将所有样本的序列随机抽取至统一数据量。
简单地说,就是在不同的样本测序数据有差距的时候,保证样本测序序列的均一性。
使用vegan包抽平:
数据准备:准备一个otu表。
输入文件:otu.txt,第一行为样品的名称,第一列为otu名称(名称具有唯一性)。
#加载r工作目录,如果文件直接放在了默认的工作目录可以忽略该代码
setwd("D:/r/")
#加载vegan包,如果没有这个包先提前安装
library(vegan)
#加载otu数据表
otu = read.table('otu.txt', header=T, sep="\t", quote = "", row.names=1, comment.char="", stringsAsFactors = FALSE)
#求和查看每个样本的和
colSums(otu)
#抽平并把结果赋值给“otu_Flattening”
otu_Flattening =as.data.frame(t(rrarefy(t(otu),min(colSums(otu)))))
#查看抽平后的每个样本的和
colSums(otu_Flattening)
#将抽平后的otu结果表(otu_Flattening)保存到该工作目录下,并命名为“otu_Results.csv”
write.table(otu_Flattening, file="otu_Results.csv",sep =",", quote=FALSE)