R语言零基础基因/数据差异分析(一)


注意,本 系列 有连贯性,每一步都很详细,每一步都很重要,请耐心读完!!


如果你出现了其他错误,或有疑问,请在评论区留言。最好不要私信发送,消息经常被屏蔽。

介绍

 	本系列文主要依据真实论文制图流程,详细说明制图过程,
 其中包括:
 	1. 基因数据下载
	2. 制图所需数据格式
 	3. 火山图制作流程
 	4. 聚类热图制作流程

环境搭建

软件下载

移步至此学习

结果展示

基因数据处理
在这里插入图片描述
在这里插入图片描述
注意删除末行注释

基因数据下载流程

以GSE137578基因为例,先下载 如图所示文件,并解压如图。
1.点击下载
2.点击下载
3.新建一个excel,并将解压好的文本拖进去。
在这里插入图片描述
4.注意,打开后,此时我们需要对数据进行处理。
打开后文件

基因数据处理

1. 在以  !开头的行,均是**注释行**,要全部删除,如图示,
2. 删除方法:选择好区域后,右键,删除整行即可 

未修改前
删除之后:
删除后
注意,尾部图片选择的整行都要删除:
删除选择部分
删除尾部结果:
结果

对于上述数据,我们所需要数据结构模样如上。
注意,我们上述下载的是基因实验数据,它用于绘制热图,这在第三章会详细说明,这里点击另存CSV即可。
注意保存位置

利用GEO分析绘制拟火山图

1.点击分析

2. 如图步骤,
1.按住 Shift 选择组别,
2.标记组别
3.如此选择完你的组别
在这里插入图片描述
3. 进行分析

4.注意下面我们要绘制的火山图模样,我们点击下载表格即可
在这里插入图片描述
4. 文件格式是 tsv,我们利用excel打开,注意,在绘制热图时,我们需要它,所以,请进行备份
5. 在这里,我们只保留以下列,注意记住以下列的名字,这非常重要,它将决定代码是否成功运行!
保留的列头行名:

  1. GB_ACC(这是基因名,每个文件有所不同,按己索需)
  2. P.Value(这里改名为FDR)
  3. logFC
  4. adj.P.Val
    你只要记住你要保留的每行头个单元名称即可,至于是什么,自己可决定。
    我们如下整理,请将非数据列放到开头

    注意名称和另存格式

    之后,我们将利用此绘制火山图。
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差异基因分析基因表达谱分析的一种方法,用于比较两个或多个不同条件下的基因表达水平差异。下面是R语言中进行差异基因分析的代码示例: 1. 导入所需库: ``` library(DESeq2) ``` 2. 读取基因表达数据: ``` counts <- read.table("your_data_file.txt", header = T, row.names = 1) ``` 3. 创建条件信息: ``` condition <- c("condition1", "condition2", ...) # 将条件名称替换为实际的条件 ``` 4. 创建基因信息: ``` genes <- rownames(counts) ``` 5. 创建DESeq2对象: ``` dds <- DESeqDataSetFromMatrix(countData = counts, colData = data.frame(condition), design = ~ condition) ``` 6. 进行差异分析: ``` dds <- DESeq(dds) res <- results(dds) ``` 7. 对结果进行筛选: ``` alpha <- 0.05 # 设置显著性水平 sig_genes <- subset(res, padj < alpha & abs(log2FoldChange) > 1) ``` 这段代码使用了DESeq2库,首先导入库,然后读取基因表达数据。接着创建条件和基因信息,然后使用DESeqDataSetFromMatrix函数创建DESeq2对象。通过使用DESeq函数进行差异分析,得到差异分析的结果。最后,根据设定的显著性水平对结果进行筛选,得到差异表达的基因列表。 需要注意的是,差异基因分析的代码可能因具体的数据和实验设计而有所不同,上述代码只是一个示例,你需要根据自己的实际情况进行相应的修改。<span class="em">1</span><span class="em">2</span><span class="em">3</span> #### 引用[.reference_title] - *1* *3* [R语言零基础基因/数据差异分析(一)](https://blog.csdn.net/qq_39751227/article/details/118757653)[target="_blank" data-report-click={"spm":"1018.2226.3001.9630","extra":{"utm_source":"vip_chatgpt_common_search_pc_result","utm_medium":"distribute.pc_search_result.none-task-cask-2~all~insert_cask~default-1-null.142^v93^chatsearchT3_2"}}] [.reference_item style="max-width: 50%"] - *2* [R语言零基础基因/数据差异分析-热图分析(四)](https://blog.csdn.net/qq_39751227/article/details/118796125)[target="_blank" data-report-click={"spm":"1018.2226.3001.9630","extra":{"utm_source":"vip_chatgpt_common_search_pc_result","utm_medium":"distribute.pc_search_result.none-task-cask-2~all~insert_cask~default-1-null.142^v93^chatsearchT3_2"}}] [.reference_item style="max-width: 50%"] [ .reference_list ]

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