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相关性分析
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EcoEvoPhylo
Research Interest: Microbial Metagenomics; Fish Genomics and Genetics; Evolutional Genetics; Bioinformatics
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R统计绘图-变量分组相关性网络图(igraph)
igraph绘制相关性网络图。原创 2022-09-11 02:28:49 · 5208 阅读 · 0 评论 -
R绘图-物种、环境因子相关性网络图(简单图、提取子图、修改图布局参数、物种-环境因子分别成环径向网络图)
https://doi.org/10.1016/j.soilbio.2020.107782有师妹想要绘制一张类似上图的环境因子-物种相关性网络图。这张图其实还挺好复现的,将环境因子与物种都作为变量一起计算相关性指数,然后绘图时更改网络图的布局参数,将环境因子与物种分内外环放置。下面使用虚构数据绘制一幅类似的图。一、 导入数据相关性系数的计算在前面很多文章R统计绘图-分子生态相关性网络分析都写过,这里不再赘述。这里直接导入相关性指数计算结果,r与p值矩阵。物种名中的空格、-等特殊字符需要注..原创 2022-04-27 22:47:42 · 9760 阅读 · 11 评论 -
R统计绘图-环境因子相关性+mantel检验组合图(linkET包介绍1)
linkET是ggcor作者的新包,最常用于绘制结合相关性分析+mantel test绘制相关性组合图。但其实他还有绘制随机森林、热图等功能,绘制出来的图也很美观。后续将分几篇文章介绍linkET包的使用。第一篇先介绍使用的最多的功能-绘制相关性组合图。表1|微生物数据,otu.csv。表2|代谢组数据,met.csv。表3|环境因子数据,env.csv。2. 相关性图图1|环境因子相关性计算结果,cor。图2|默认参数相关性图,cor.p1。图3|调整参数后相关性图,c原创 2022-06-01 23:17:37 · 3395 阅读 · 0 评论 -
R统计绘图-多变量相关性散点矩阵图(GGally::ggpairs())
进行相关性分析之后,就要选择分析结果的展示形式。前面介绍过是用corrplot包绘制相关性热图展示结果(R统计绘图-corrplot绘制热图及颜色、字体等细节修改),这里介绍另一种展示形式,使用ggplot2绘图扩展包-GGally包的ggpairs()展示相关性分析结果,图中同时展示数据散点图和相关性结果。这在R统计绘图-One-Way MANOVA一文中有展示过。一、 数据准备# 1.1 设置工作路径setwd("D:\\EnvStat\\corrplot")# 1.2 加载R包原创 2022-04-27 23:06:19 · 2678 阅读 · 1 评论 -
R统计绘图-分子生态相关性网络分析(拓扑属性计算,ggraph绘图)
一、 分子生态网络简介分子生态网络分析是一个极具前景的群落生态分析方法,它能够较为轻松的探究出不同环境中的不同生物特征(物种或基因等)间的相互作用关系或共存模式。通过确定整个网络中的具有高连接度的微生物特征或该特征在模块内所处的位置,可以得到整个网络中的关键物种或基因(hub nodes)以及一些较为重要的物种或基因。这一类微生物特征可能对于微生物群落的结构和功能有着一定的决定作用。网络分析方法已经被广泛的应用于各个环境中的微生物群落的研究,在探寻微生物群落的特有属性、结构、功能以及群落的复杂性和稳定性原创 2021-09-16 20:45:36 · 5187 阅读 · 0 评论 -
R统计绘图-corrplot热图绘制细节调整2(更改变量可视化顺序、非相关性热图绘制、添加矩形框等)
上一篇文章推送的是怎样调整corrplot热图的可视化参数,以修改字符和图例位置,数据可视化形式和字符小大和颜色等这篇是一个补充部分,记录怎样修改参数以变量排序方式和突出部分数据。本流程还是使用R统计绘图-环境因子相关性热图中的不同土壤环境因子数据进行相关性分析、绘制热图并进行图细节更改。流程开始按下图整理环境因子数据,行为样品名称,列为环境因子名称和分组信息,共有11个环境变量,3个分组信息。图1|环境因子及分组信息表,env.csv。1 设置工作路径并调用R包#设置工作路径#...原创 2021-09-05 18:30:30 · 10441 阅读 · 0 评论 -
R统计绘图-corrplot绘制热图及颜色、字体等细节修改1
有师妹想要更改热图的颜色和字体,想着之前相关性绘图等推文只是使用corrplot默认的颜色绘图,为了帮师妹解惑,今天就写一篇,怎么设置热图颜色和字体等细节到推文。其实看一遍R语言实战|入门3:图形初阶,就可以基本了解R中图形细节的设置。本流程还是使用R统计绘图-环境因子相关性热图中的不同土壤环境因子数据进行相关性分析、绘制热图并进行图细节更改。流程开始按下图整理环境因子数据,行为样品名称,列为环境因子名称和分组信息,共有11个环境变量,3个分组信息。图1|环境因子及分组信息表,env.csv。..原创 2021-09-05 18:02:57 · 15884 阅读 · 5 评论 -
R统计绘图-环境因子相关性热图
1 基本信息本流程是进行不同土壤环境因子相关性分析并绘制热图,流程开始按下图整理环境因子数据,行为样品名称,列为环境因子名称和分组信息,共有11个环境变量,3个分组信息。图1|环境因子及分组信息表,env.csv。2 分析流程2.1 设置工作路径并调用R包# 设置工作路径#knitr::opts_knit$set(root.dir="D:\\EnvStat")# 使用Rmarkdown进行程序运行Sys.setlocale('LC_ALL','C') # Rmarkdown全局原创 2021-08-22 14:11:20 · 9632 阅读 · 2 评论