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EcoEvoPhylo
Research Interest: Microbial Metagenomics; Fish Genomics and Genetics; Evolutional Genetics; Bioinformatics
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R统计绘图-VPA(变差分解分析)
变差分解分析(Variance Partitioning Analysis)可用于确定指定环境因子对微生物(原生生物/植物/动物等等)群落结构变化的解释比例。要计算指定环境因子与群落结构的相关性,就需要约束非指定环境因子的同时,对指定环境因子做排序分析。其实就是相当于做partial排序分析。公众号文章《R统计-PCA/PCoA/db-RDA/NMDS/CA/CCA/DCA等排序分析教程》写过如何使用vegan包进行偏分析。本文记录一下使用vegan包进行VPA分析的两种方法。一、 数据准备# 1原创 2021-11-27 13:02:59 · 9978 阅读 · 1 评论 -
R统计绘图-环境因子相关性热图
1 基本信息本流程是进行不同土壤环境因子相关性分析并绘制热图,流程开始按下图整理环境因子数据,行为样品名称,列为环境因子名称和分组信息,共有11个环境变量,3个分组信息。图1|环境因子及分组信息表,env.csv。2 分析流程2.1 设置工作路径并调用R包# 设置工作路径#knitr::opts_knit$set(root.dir="D:\\EnvStat")# 使用Rmarkdown进行程序运行Sys.setlocale('LC_ALL','C') # Rmarkdown全局原创 2021-08-22 14:11:20 · 9632 阅读 · 2 评论 -
R统计-PCA/PCoA/db-RDA/NMDS/CA/CCA/DCA等排序分析教程
这里写自定义目录标题R统计-PCA/PCoA/db-RDA/NMDS/CA/CCA/DCA等排序分析教程一、定义二、分类2.1 根据物种响应环境梯度模型分类2.2 根据是否使用环境因子数据分类2.2.1 unconstrained ordination(非约束排序/间接排序) :只使用物种组成数据的排序2.2.2 constrained ordination(约束排序/直接排序):使用物种和环境因子数据排序2.3 偏分析(partial analysis)2.3.1 Partial methods of u原创 2021-08-10 17:46:45 · 2175 阅读 · 0 评论 -
corrplot相关性系数组合图精简版
library(ggplot2)library(vegan)Arf=read.csv("Arf.csv",sep=",",header=T,row.names=1)Com=read.csv("Com.csv",sep=",",header=T,row.names=1)Sti=read.csv("Ste.csv",sep=",",header=T,row.names=1)Cle=原创 2018-10-26 17:38:57 · 2111 阅读 · 0 评论 -
微生物生态数据分析——冗余分析
微生物生态数据分析——冗余分析sa=read.table("NRRDA.csv",header=T,row.names=1,sep=",")env=read.table("NRenv.csv",header=T,sep=",",row原创 2018-10-25 17:13:27 · 7695 阅读 · 2 评论 -
RDA排序修改
library(vegan)library(ggplot2)library(permute)library(lattice)spe=read.table("spe.csv",header=T,row.names=1,sep=",")envi=read.table("env.csv",header=T,sep=",",row.names=1)#选择有显著性相关关系理化因子group &l...原创 2019-12-26 13:06:47 · 579 阅读 · 0 评论