qq_39859424的博客

此文主要涉及随机森林组间变量重要性和物种丰度差异检验绘图，包含以下几部分内容：1）随机森林分类；2）随机森林分类变量重要性绘图；3）物种丰度差异检验绘图4）随机森林分类变量重要性及物种丰度差异组合图1. 数据准备此处使用包含分类信息的虚构微生物otu数据，用于构建随机森林分类模型。图1|原始otu表，otu.csv。前两列为分类信息，后面分析只使用depth分类信息。图2|相对丰度otu表，spe。ntree(构建决策树数量)，mtry(用于构建决策树的变量数)和maxnodes(最大终端节点数)是随

此文主要涉及随机森林分类分析，主要包含以下几部分内容：1）随机森林基础知识2）randomForest()认识及构建分类判别模型；3）随机森林参数调优4）随机森林模型评估classification rate、Sensitivity和specificity和ROC curve/AUC value5）特征变量重要性筛选及绘图重要性指数排序、交叉验证及Boruta算法筛选一、 准备数据此处使用的包含......