网络图
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使用R绘制相关性网络图。
EcoEvoPhylo
Research Interest: Microbial Metagenomics; Fish Genomics and Genetics; Evolutional Genetics; Bioinformatics
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R统计绘图-变量分组相关性网络图(igraph)
igraph绘制相关性网络图。原创 2022-09-11 02:28:49 · 6135 阅读 · 0 评论 -
R统计绘图-分子生态相关性网络分析(拓扑属性计算,ggraph绘图)
一、 分子生态网络简介分子生态网络分析是一个极具前景的群落生态分析方法,它能够较为轻松的探究出不同环境中的不同生物特征(物种或基因等)间的相互作用关系或共存模式。通过确定整个网络中的具有高连接度的微生物特征或该特征在模块内所处的位置,可以得到整个网络中的关键物种或基因(hub nodes)以及一些较为重要的物种或基因。这一类微生物特征可能对于微生物群落的结构和功能有着一定的决定作用。网络分析方法已经被广泛的应用于各个环境中的微生物群落的研究,在探寻微生物群落的特有属性、结构、功能以及群落的复杂性和稳定性原创 2021-09-16 20:45:36 · 5394 阅读 · 0 评论 -
R绘图-物种、环境因子相关性网络图(简单图、提取子图、修改图布局参数、物种-环境因子分别成环径向网络图)
https://doi.org/10.1016/j.soilbio.2020.107782有师妹想要绘制一张类似上图的环境因子-物种相关性网络图。这张图其实还挺好复现的,将环境因子与物种都作为变量一起计算相关性指数,然后绘图时更改网络图的布局参数,将环境因子与物种分内外环放置。下面使用虚构数据绘制一幅类似的图。一、 导入数据相关性系数的计算在前面很多文章R统计绘图-分子生态相关性网络分析都写过,这里不再赘述。这里直接导入相关性指数计算结果,r与p值矩阵。物种名中的空格、-等特殊字符需要注..原创 2022-04-27 22:47:42 · 10601 阅读 · 11 评论