graph包:圆状网络图的绘制|互作网络图|基因通路网络图

事情是这样的,有小伙伴给了一张图,是个GO与基因关系的网络图,问怎么做,因为是截图,所有这里我放自己做的图。是这样的:

640.png

为了鼓捣这个图也是费了一番功夫,这种网络图与ggtree这些是同源的感觉,是不过是曲线而已,主要是用ggraph包。重点在于构建作图数据。大类用大的节点,放在圆内部,周围一圈是节点,外部点的大小这里我用的是基因的P值,实际中可以用实际的数据。这个图的用处,我想到的有:(1)这种通络富集图,展示通路下包含的基因。(2)蛋白互作。(3)单细胞中每个细胞类群包含的亚群也可以用这个图展示。

很吊胃口吧!!!!
详细内容请访问--KS科研分享与服务---公众号!

 

  • 0
    点赞
  • 3
    收藏
    觉得还不错? 一键收藏
  • 0
    评论
R语言是一种广泛应用于数据分析和统计建模的编程语言。在R语言中,可以使用多种和函数来绘制大型网络图。下面是一种常用的方法: 1. 安装和加载相关:首先,需要安装并加载用于网络图绘制,如`igraph`和`ggraph`。可以使用以下命令安装这些: ```R install.packages("igraph") install.packages("ggraph") ``` 然后,使用以下命令加载这些: ```R library(igraph) library(ggraph) ``` 2. 创建网络对象:使用`igraph`中的函数创建一个网络对象。可以使用不同的方法来定义网络的节点和边。例如,可以使用节点列表和边列表来创建网络对象。以下是一个示例: ```R # 创建节点列表 nodes <- data.frame(id = c("A", "B", "C", "D")) # 创建边列表 edges <- data.frame(from = c("A", "A", "B"), to = c("B", "C", "D")) # 创建网络对象 network <- graph_from_data_frame(d = edges, vertices = nodes, directed = FALSE) ``` 3. 绘制网络图:使用`ggraph`中的函数来绘制网络图。可以选择不同的布局算法和样式选项来定制图形的外观。以下是一个示例: ```R # 使用力导向布局算法布局网络图 layout <- create_layout(network, layout = "fr") # 绘制网络图 plot <- ggraph(layout) + geom_edge_link() + geom_node_point() + geom_node_text(aes(label = id), vjust = -1) + theme_void() # 显示网络图 plot ``` 这是一个简单的示例,你可以根据自己的需求进一步定制和调整网络图的样式和布局。

“相关推荐”对你有帮助么?

  • 非常没帮助
  • 没帮助
  • 一般
  • 有帮助
  • 非常有帮助
提交
评论
添加红包

请填写红包祝福语或标题

红包个数最小为10个

红包金额最低5元

当前余额3.43前往充值 >
需支付:10.00
成就一亿技术人!
领取后你会自动成为博主和红包主的粉丝 规则
hope_wisdom
发出的红包
实付
使用余额支付
点击重新获取
扫码支付
钱包余额 0

抵扣说明:

1.余额是钱包充值的虚拟货币,按照1:1的比例进行支付金额的抵扣。
2.余额无法直接购买下载,可以购买VIP、付费专栏及课程。

余额充值