使用ClinCNV分析CNV

ClinCNV是一个可以同时检测germline和somatic CNV的临床分析软件，如果您的样本量比较大（大于40个），可以试试这个软件，不仅可以分析WES数据，也可以分析WGS数据，不仅可以分析高深度（30X）的数据，也可以分析低深度（1X）的数据，不仅可以分析单个样本，也可以分析家系样本。

一、软件安装

首先可以通过git拷贝软件所需要的分析脚本：

git clone https://github.com/imgag/ClinCNV.git

由于这个软件是R编写的，分析过程中会用到很多R的packages，可以提前安装好，如下：

install.packages("optparse")
install.packages("robustbase")
install.packages("MASS")
install.packages("data.table")
install.packages("foreach")
install.packages("doParallel")
install.packages("mclust")
install.packages("R.utils")
install.packages("RColorBrewer")
install.packages("party")

软件安装好后，可以利用软件中自带的数据进行简单的测试：

fold=/folder/with/the/cloned/Cli