R语言计算并合并各物种的OTU数量

   使用R语言快速根据不同物种分类对OTU进行合并计算，今天借助R语言中dplyr包及aggregate函数的肩膀，重新编写了一个简易的一键式函数，可以快速帮助大家完成不同分类，单分类，多分类的OTU一键合并，欢迎大家建议和完善~

数据格式：
大家需要准备一份OTU/ASV的数据或者其他表示物种丰度的数据。其中列为样方，行为OTUID。

函数主体：

merge_otu <- function(data, formula, e_species=NULL, FUN){
  
  require(dplyr)
  
  df <- as.data.frame(data)
  
  if(!is.null(e_species)){
  
  if(is.character( data[,1])){
    rownames(df) <- df[, 1]
    df <- df[,-1]
    df[is.na(df)] <- 0
    df <- df %>% select( -e_species )
    result <- aggregate(formula , data = df, FUN)
  return(result)
  }
  
  if(! is.character(data[,-1])){
    df[is.na(df)] <- 0
    df <- df %>% select( -e_species )
    result <- aggregate(formula , data = df, FUN)
    return(result)
  }
  }
  
  if(is.null(e_species)){
    
    if(is.character( data[,1])){
      rownames(df) <- df[, 1]
      df <- df[,-1]
      df[is.na(df)] <- 0
      result <- aggregate(formula , data = df, FUN)
      return(result)
    }
    
    if(! is.character(data[,-1])){
      df[is.na(df)] <- 0
      result <- aggregate(formula , data = df, FUN)
      return(result)
    }
  }
}

函数用法：
merge_otu( data = otu , formula = . ~ phylum, e_species = c(“class”, “order”, “family”, ‘genus’, “species”), sum)

参数介绍：
data ：请使用模板数据格式；
formula ：对应的计算公式，如果想对所有物种分类都保留的话可以在phylum基础上 + class + order + family + genus + species，即 . ~ phylum + class + order + family + genus + specie，结果如下

e_species ：对应公式中出现的分类，即要在该参数中设定表示剔除。

需要注意的是，如果所有分类都考虑，请在e_species这个参数中选择默认情况，该参数表示要剔除的分类，也就是意味着，公式中未保留的分类，需要在参数中对应设置。

好比merge_otu( data = otu , formula = . ~ phylum, e_species = c(“class”, “order”, “family”, ‘genus’, “species”), sum)，或者上述结果图中的考虑所有分类情况，则e_species 参数默认即可。

FUN ：计算汇总统计信息的函数，可应用于所有数据子集。

以上就是该函数所有的介绍信息，本人仅对上述所使用的函数进行简单包装。谨慎使用，不喜勿喷，感谢各位。