fastp—数据过滤&质控

一、fastp的安装及使用
1）conda安装：conda install fastp
2）源代码安装：软件下载地址 https://github.com/OpenGene/fastp#get-fastp

#从GitHub下载源代码（也可下载后上传）
git clone https://github.com/OpenGene/fastp.git
ubzip fastp-master.zip
cd fastp-master
#编译
make
sudo make install（需sudo权限）

二、常见用法
过滤
1）质量过滤 : -q/--qualified_quality_pherd 高于此值才算数，默认15；-u/--unquantified_percent_limit允许unqualified的碱基百分比，默认40%
2）长度过滤：长度过滤默认开启，可通过-L取消，-l/--length_required定义需要的最短长度，默认为15；--length_limit定义接受的最长长度，默认为0表示没有限制
3）低复杂度过滤：默认不开启，可通过-y开启，通过-Y定义过滤条件
Adapter
1）SE数据：