fastp：测序数据质控

最新推荐文章于 2024-04-02 20:36:26 发布
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文章标签： 数据分析
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本文链接：https://blog.csdn.net/m0_53945548/article/details/135316435
版权
本文介绍了新版FastP的安装方法，包括下载最新版本和指定版本，以及详细解释了其命令行参数，如输入文件(-i)、输出文件(-o)等，特别提到如何检测接头并生成HTML报告。
摘要由CSDN通过智能技术生成

看看新版fastp好用不，bbduk的复杂程度还是稍微有点高

fastp安装

# download the latest build
wget http://opengene.org/fastp/fastp
chmod a+x ./fastp

# or download specified version, i.e. fastp v0.23.4
wget http://opengene.org/fastp/fastp.0.23.4
mv fastp.0.23.4 fastp
chmod a+x ./fastp
（完整路径）/fastp

fastp -i （） -o （） -I （） -O （） --dont_overwrite --detect_adapter_for_pe -g -x --html fastp_report.html --thread 16(最大16) -q 30 --average_qual 20 --unqualified_percent_limit 15 -l 50

CAAS_IFR_zp
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fastp：FASTQ文件预处理神器
公众号/简说基因，知乎/简宝玉
08-09 300
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fastp—数据过滤&质控
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02-20 9431
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iMeta | 引用7000+，海普洛斯陈实富发布新版fastp更快更好地质控FASTQ数据
刘永鑫的博客——宏基因组公众号
05-20 306
点击蓝字 关注我们使用fastp进行超快的FASTQ数据预处理、质量控制和去重iMeta主页：http://www.imeta.science方法论文●原文链接DOI: https://doi.org/10.1002/imt2.107● 2023年5月8日，海普洛斯生物科技有限公司陈实富在iMeta在线发表了题为“Ultrafast one-pass FASTQ data preproces...
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1）fastp介绍 fastp文献 fastp下载 fastq文件处理工具，基于C 2）功能 多线程 去接头 碱基矫正 根据滑动窗口质量值剪切 切ployG/ployX尾巴 处理分子标签(UMI) 分割输出结果 duplicate率的评估 过表达序列分析 质控结果报告 ...
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Nusery的博客
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这一期的内容其实早就想好了怎么写，奈何太忙了没什么时间来写，所以拖更了很久，给大家道个歉，接下来我尽量为大家提供更高质量的文章最后还是希望大家关注一下我们，同时可以的话也可以推荐给你身边的朋友。
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yyj0301的博客
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fastp: 进行数据的质控和过滤
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以下是使用fastp对双端测序文件进行质控的示例命令： ``` fastp -i R1.fastq.gz -I R2.fastq.gz -o R1_clean.fastq.gz -O R2_clean.fastq.gz -h report.html ``` 其中，`-i`和`-I`分别指定原始的R1和R2数据文件，`...
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病原微生物扩增子数据分析实战（二）：fastp软件进行质量控制
公众号/简说基因，知乎/简宝玉
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接上一篇，数据拆分完成后，得到 FASTQ 文件，下面对数据进行质控。当前主流测序平台的数据存储格式无外乎两种，FASTQ（Illumina, MGI），BAM（Life Ion Tor...
转录组之质量控制加序列剪切 （fastp）[学习笔记通俗易懂版]
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Fastp对fastq质控
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1. 基本命令 fastp -i in.R1.fq.gz -I in.R2.fq.gz # 单端测序 fastp -i in.R1.fq.gz -I in.R2.fq.gz -o out.R1.fq.gz -O out.R2.fq.gz # 双端测序 注： -a, --adapter_sequence the adapter for read1. For SE data, if not specified, the adapter will be auto-detect...
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文章目录前言raw data 和 fastq文件readsQ20和Q30N值AdaptersDuplicationInsertfastp reportsummaryAdapterInsert size estimationBefore filtering 前言 测序出来的数据利用fastp一个命令质控全搞定，无论是SE还是PE，同时会生成.json和.html格式的报告，十分直观方便，如何生成报告可查看 Linux下fastp的使用 ，下面记录一下如何理解这份报告。 在这之前先整理几个概念： raw d
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【代码】根据fastp结果json批量提取质控后的claean reads/Q30/GC content。
fastp安装及使用-fastp v0.23.4（bioinfomatics tools-002）
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下一代测序技术产生大量的测序数据，可以用于不同的生物学处理流程如基因组、转录组分析等。但是，不同的流程都需要通过质量控制（Quality Control, QC）以获得高质量、纯净的测序数据，从而使后续处理流程得到的结果更加可靠。--fastp
15-有参转录组实战1-批量质控-fastp
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8，等到html文件出来就行，这里大概用了15min，查看结果，有clean data，还有HTML的报告，报告解读主要看Q30>85%，它这个上传文件就是质控过的，所以质控前后的数据基本一致。#本教程部分参考B站15天入门生物信息教程，在开启以下教程前，请务必看看我前面两个教程，Linux系统上安装R语言（#2，对文件重命名，回看NCBI，SRR22954651- SRR22954653是野生型，另外3个就是过表达了。#1，我们对上次下载的转录组进行实战分析，首先进行质量控制，使用fastp软件。
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04-20 3441
使用批量质控的方法：vim .sh创建文件夹 ，i-编辑；将质控命令复制进去，修改所在文件夹，我数据在不同文件夹需要自己修改。esc，shift+：，wq保存退出，sh fastp .sh即可。使用fastp 软件进行质控，chmod a+x fastp使其可运用./fastp；可使用系统默认质控参数。2,使用wget进行安装：wget http://opengene.org/fastp/fastp。1. 使用conda进行安装：conda install fastp。质控完成后显示数据。
2021.01.07丨使用fastp统计样品质量结果
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各位小伙伴在对测序样品进行质控的时候，首选基本上都是fastQC，他能能够生成许多图片直观地展示质控结果。 然而，当我们有多个样品，希望对其结果以表格形式进行展示的时候，fastQC能提供的信息就比较少了，比如GC含量精确到小数点，或者Q30等等 fastQC能统计到的基本信息 我们希望得到的统计结果 那么如何能够批量统计到更详细的质控信息呢？fastp工具和这篇文章脚本的必要性就产生了，它可以统计测序数据较多的信息并以.json形式进行展示。 我们用Editplus打开f
1、测序原始数据的获取和质控
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