今天给同学们分享一篇孟德尔随机化的生信文章“Causal relationship between gut microbiota and cancers: a two-sample Mendelian randomisation study ”,这篇文章于2023年2月21日发表在 BMC Med 期刊上,影响因子为11.15。
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观察性研究和临床试验的证据表明,肠道微生物群与癌症有关。然而,肠道微生物群与癌症之间的因果关系尚待确定。
一、SNP选择
首先,作者在门、纲、目、科和属水平上分别鉴定了91、307、289、310和397个与肠道微生物群相关的SNPs,其显著性水平为p<5×10−8。作者在门、纲、目、科和属的水平上分别鉴定了228499488811和1374个SNPs,其显著性水平为p<1×10−6。经过一系列质量控制步骤,277个(全基因组统计显著性阈值,p<1×10−6)和23个(全基因统计显著性阈,p<5×10−8)SNPs被选为IVs。
IVs的F统计数据大多>10,表明没有证据表明存在弱偏倚,MR-PRESSO全局检验也没有检测到多效性效应的证据(p>0.05)。最终,在去除MR-PRESSO异常值检验和MR-Egger回归确定的多效性SNPs后,没有证据表明IVs具有水平多效性(MR-PRESSO全局检验均p>0.05,MR-Egger回归均p>0.05)。
使用四种MR方法对含有多个SNPs的细菌属进行测试,以考虑多重测试校正。在作为IVs的小于全基因组统计显著性阈值(5×10−8)的SNPs集合中,不同分类群水平的显著性阈值设置为:phylum p = 5 × 10−2 (0.05/1), class p = 5 × 10−2 (0.05/1), order p = 2.5 × 10−2 (0.05/2), family p = 1.25 × 10−2 (0.05/4), and genus p = 4.54 × 10−3 (0.05/11)。在作为IVs的小于全基因组统