11+肠道微生物群+孟德尔随机化

今天给同学们分享一篇孟德尔随机化的生信文章“Causal relationship between gut microbiota and cancers: a two-sample Mendelian randomisation study ”，这篇文章于2023年2月21日发表在 BMC Med 期刊上，影响因子为11.15。

观察性研究和临床试验的证据表明，肠道微生物群与癌症有关。然而，肠道微生物群与癌症之间的因果关系尚待确定。

一、SNP选择

首先，作者在门、纲、目、科和属水平上分别鉴定了91、307、289、310和397个与肠道微生物群相关的SNPs，其显著性水平为p<5×10−8。作者在门、纲、目、科和属的水平上分别鉴定了228499488811和1374个SNPs，其显著性水平为p＜1×10−6。经过一系列质量控制步骤，277个（全基因组统计显著性阈值，p＜1×10−6）和23个（全基因统计显著性阈，p＜5×10−8）SNPs被选为IVs。

IVs的F统计数据大多>10，表明没有证据表明存在弱偏倚，MR-PRESSO全局检验也没有检测到多效性效应的证据（p>0.05）。最终，在去除MR-PRESSO异常值检验和MR-Egger回归确定的多效性SNPs后，没有证据表明IVs具有水平多效性（MR-PRESSO全局检验均p>0.05，MR-Egger回归均p>0.05）。

使用四种MR方法对含有多个SNPs的细菌属进行测试，以考虑多重测试校正。在作为IVs的小于全基因组统计显著性阈值（5×10−8）的SNPs集合中，不同分类群水平的显著性阈值设置为：phylum&nbsp;p&nbsp;= 5 × 10−2&nbsp;(0.05/1), class&nbsp;p&nbsp;= 5 × 10−2&nbsp;(0.05/1), order&nbsp;p&nbsp;= 2.5 × 10−2&nbsp;(0.05/2), family&nbsp;p&nbsp;= 1.25 × 10−2&nbsp;(0.05/4), and genus&nbsp;p&nbsp;= 4.54 × 10−3&nbsp;(0.05/11)。在作为IVs的小于全基因组统