Gromacs个人学习 #1 （基础、VMD）

Xiao2489

已于 2025-03-05 10:26:54 修改

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文章标签：学习

于 2024-05-13 20:35:39 首次发布

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版权

20240129

动力学模拟的常规流程：

packmol等做初始结构，加上参数何拓扑文件

做几何优化

升温，预平衡，正式模拟

观看轨迹（VMD），统计分析

20240206

分子动力学模拟适合用GPU加速，计算速度提升快，纯CPU计算安装2018.8版本（功能全），GPU加速的版本安装2022.6

分子动力学模拟中GPU加速对于处理速度十分重要。

20240208

分子力场用来计算每一帧结构下体系的势能和各个原子的受力。

体系的势能一般写成成键项和非键项之和，前者描述分子内临近原子间的相互作用，后者描述分子间以及分子内非临近原子间的相互作用。

成键项：大部分用于分子体系的成键项包含键伸缩项、键角弯曲项、二面角扭曲项、improper项。

非键项：主要分为静电作用和范德华作用两部分。

力场的混用：不同力场面对的体系不同，有时需要利用多个力场才能完整提供被考察的体系中所有的参数。力场的混用要根据不同力场之间的兼容关系决定。

常见的力场：

GROMOS（烷烃、蛋白、核酸、蛋白、糖、有机小分子）

OPLS（蛋白、糖、有机小分子）

AMBER（蛋白、核酸、部分有机小分子）GAFF（各种有机小分子）GLYCAM（糖、磷脂）Lipid（磷脂、胆固醇）

加粗行可互相兼容

CHARMM（磷脂、核酸、蛋白、糖、部分有机小分子）CGenFF（各种有机小分子）

Dreding、UFF（各种类型分子和材料）

MM系列：准确计算各种有机小分子

ReaxFF（最流行的反应力场）

20240421

Windows基本命令

windows下gromacs中文教程（simulate chain A of insulin (PDB ID: 1ZNI).

GROMACS 2018.4原生Windows版的安装演示

超算不能进行前处理，安装win版gromacs，在win上进行前处理。生成tpr文件。

将gro、mdp、top通过grompp组成mdrun的输入文件：

gmx grompp -f md_NPT.mdp -c waterbox.gro -p waterbox.top -o md.tpr

在提交脚本中改动tpr文件的名字(不带格式，如下面的md)

#!/bin/bash
#SBATCH -p amd_256
#SBATCH -N 2
#SBATCH -n 128
source /public3/soft/module/module.sh
module load gromacs/2022.2-oneAPI.2022.1
mpirun  gmx_mpi mdrun -deffnm md

sbatch提交后，可看轨迹。

删除文件中所有带#的备份文件：

rm -f *#*

去除linux中代码的黄标：

在ESC下:nohl

超算的module命令：

先source /public3/soft/module/module.sh

再module avail即可看分区下安装的软件。

按enter即可往下游览

packmol:

运行命令：

packmol < inputfile.inp

在powershell中运用<重定向命令会报错，可以在cmd中运行。

cmd便捷定向到指定文件夹的办法:

文件管理器打开到指定路径，复制路径，在文件管理器的框内输入cmd，然后enter，就会自动跳转到cmd。

能量极小化的mdp文件（运行需要删除备注的部分，会参数识别错误）：

#能量极小化参数文件
define = -DFLEXIBLE #预处理控制，-DFLEXIBLE为柔性水设置
integrator = cg     #cg共轭梯度法，md（默认），leap-frog做动力学，P79
nsteps = 10000      #步数上限
emtol  = 100.0      #能量极小化受力收敛标准
emstep = 0.01       #最陡下降法最大步长
;
nstxout   = 20      #trr轨迹文件写入的步数间隔
nstlog    = 50      #log能量，属性文件写入步数间隔
nstenergy = 50      #edr能量文件写入步数间隔
;
pbc = xyz                                   #周期性边界条件设定
cutoff-scheme            = Verlet           #邻居列表生成方式
coulombtype              = PME              #静电作用计算方式
rcoulomb                 = 0.9              #实空间中静电作用截断值
vdwtype                  = Cut-off          #范德华作用计算方式（Cut-off/PME） P80
rvdw                     = 0.9              #范德华作用距离
DispCorr                 = EnerPres         #范德华作用的长程校正
;
constraints              = none             #键的约束设定

du -sh *

显示当前目录下的文件和文件夹的大小

sbatch --gpus=8 gmxgpu.sh

VMD选择语句

sob文章

在选择语句中有以下规则可以利用，通过组合、嵌套，使得选择语句无比强大
·可以写多个参数一次选择一批，彼此间用空格分隔
·可以用... to ...选择特定范围
·可以用与、或、非这些逻辑关系：and、or、not
·可以用( )或{ }指定语句处理的优先顺序
·双引号内的字符会被视为整体，并且可以使用正则表达式
·用单引号扩住则里面的字符可以避免被转义
·可以用判断语句：<, <=, =, >=, >, !=
·可以用函数：sqr（平方）, sqrt（开根号）, abs（绝对值）, sin, cos, tan, atan, asin, acos, sinh, cosh, tanh, exp, log, log10
·支持运算符：+ - * /。可以用^或**来表示多少次方
·特殊选择方式：
within 5 of AAA：距离AAA 5埃以内的原子。选取时不考虑周期边界条件，用pbwithin则考虑
exwithin 5 of AAA ：同上，但不包含AAA自身
withinbonds 2 of AAA：距离AAA不超过两个键的原子
same p as AAA：与AAA选区的p属性相同的部分
ringsize 5 from AAA：处于AAA中五元环上的原子
maxringsize 6 from AAA：处于AAA中<=六元环的原子

下面来看一些具体例子
index 5 to 200 210：序号在5~200内的原子以及210号原子
protein or nucleic：蛋白质与核酸的原子
resname ALA CYS ARG：丙氨酸、半胱氨酸、精氨酸原子
backbone not helix：除了螺旋区域以外的骨架原子
name CA CB 或 name "CA|CB" 或 name "C[AB]" 或 name "C(A|B)"：名为CA和CB的原子
name "C."：名字为两个字符且第一个字符为C的原子
name "CE[1-3]"：名字为CE1、CE2、CE3的原子
name 'O5*'：叫O5*的原子。注意原子名带星号的在选取时要用单引号括住以免转义
resname 'CA2+'：残基名是CA2+的原子（二价钙离子）。名字带正负号的也要用单引号括住以免转义
mass > 5：质量大于5的原子
abs(charge)>1：电荷大小超过1的原子
x<6 and x>3：选择x在3~6埃区域内的一层原子
x>1 and x<8 and y>24 and y<35 and z>1 and z<5：一个矩形区域内的原子
sqr(x-5)+sqr(y+4)+sqr(z) < sqr(5) ：以(5,-4,0)点为中心半径5埃以内的原子
((x-33)^2+(y-14.5)^2)<12^2 and z<40 and z>10：选择以x=33、y=14.5埃为中心，半径为12埃，z范围在10~40埃的柱形区域
x+y+z<80：斜切面内侧的原子（回忆平面方程）
not {oxygen and numbonds=0}：扣除孤立的氧原子（可以用于去除X光衍射pdb文件里的结晶水）
within 6 of protein：距离蛋白质6埃以内的原子
not within 5 of resname ADP：距离名为ADP的分子5埃以外的原子
water within 5 of residue 8 to 44：距离8~44号残基5埃以内的水
withinbonds 2 of index 31：距离编号为31原子的两个键及以内的原子
maxringsize 6 from protein：蛋白当中所有六元及六元以下环上的原子
same resname as resid 33：所有与33号残基相同名称的残基
same residue as {protein within 5 of nucleic}：与核酸的原子相距5埃以内的蛋白的原子，并且把被截断的残基保留完整
x > 15 and not same fragment as {exwithin 8 of protein}：蛋白质以及蛋白质8埃范围以外的原子，保留完整片段，同时x坐标得大于15埃

以上例子中，涉及到坐标、速度变量的，属于动态选区，即随着帧号变化被选择的原子会可能发生变化。观看这些选区的时候，注意在Representation界面的Trajectory标签页里要把Update Selection Every Frame选上，否则选中的原子是对刚选中时那一帧而言的，不会随着轨迹播放被动态更新。在一些VMD的插件中，比如计算rdf的Radial Pair Distribution Function g(r)插件里，当Selection文本框里用了动态选区时，应当把Update Selections复选框选上，否则也由于不会被动态更新而和期望的不符。