Gromacs个人学习 #1

20240129

动力学模拟的常规流程：

packmol等做初始结构，加上参数何拓扑文件

做几何优化

升温，预平衡， 正式模拟

观看轨迹（VMD），统计分析

20240206

分子动力学模拟适合用GPU加速，计算速度提升快，纯CPU计算安装2018.8版本（功能全），GPU加速的版本安装2022.6

分子动力学模拟中GPU加速对于处理速度十分重要。

20240208

分子力场用来计算每一帧结构下体系的势能和各个原子的受力。

体系的势能一般写成成键项和非键项之和，前者描述分子内临近原子间的相互作用，后者描述分子间以及分子内非临近原子间的相互作用。

成键项：大部分用于分子体系的成键项包含键伸缩项、键角弯曲项、二面角扭曲项、improper项。

非键项：主要分为静电作用和范德华作用两部分。

力场的混用：不同力场面对的体系不同，有时需要利用多个力场才能完整提供被考察的体系中所有的参数。力场的混用要根据不同力场之间的兼容关系决定。

常见的力场：

GROMOS（烷烃、蛋白、核酸、蛋白、糖、有机小分子）

OPLS（蛋白、糖、有机小分子）

AMBER（蛋白、核酸、部分有机小分子）GAFF（各种有机小分子）GLYCAM（糖、磷脂）Lipid（磷脂、胆固醇）

加粗行可互相兼容

CHARMM（磷脂、核酸、蛋白、糖、部分有机小分子）CGenFF（各种有机小分子）

Dreding、UFF（各种类型分子和材料）

MM系列：准确计算各种有机小分子

ReaxFF（最流行的反应力场）

20240421

Windows基本命令

windows下gromacs中文教程（simulate chain A of insulin (PDB ID: 1ZNI).

GROMACS 2018.4原生Windows版的安装演示

超算不能进行前处理，安装win版gromacs，在win上进行前处理。生成tpr文件。

将gro、mdp、top通过grompp组成mdrun的输入文件：

gmx grompp -f md_NPT.mdp -c waterbox.gro -p waterbox.top -o md.tpr

在提交脚本中改动tpr文件的名字(不带格式，如下面的md)

#!/bin/bash
#SBATCH -p amd_256
#SBATCH -N 2
#SBATCH -n 128
source /public3/soft/module/module.sh
module load gromacs/2022.2-oneAPI.2022.1
mpirun  gmx_mpi mdrun -deffnm md

sbatch提交后，可看轨迹。

删除文件中所有带#的备份文件：

rm -f *#*

去除linux中代码的黄标：

在ESC下:nohl

超算的module命令：

先source /public3/soft/module/module.sh

再mosule avail即可看分区下安装的软件。

packmol:

运行命令：

packmol < inputfile.inp

在powershell中运用<重定向命令会报错，可以在cmd中运行。

cmd便捷定向到指定文件夹的办法:

文件管理器打开到指定路径，复制路径，在文件管理器的框内输入cmd，然后enter，就会自动跳转到cmd。

能量极小化的mdp文件（运行需要删除备注的部分，会参数识别错误）：

#能量极小化参数文件
define = -DFLEXIBLE #预处理控制，-DFLEXIBLE为柔性水设置
integrator = cg     #cg共轭梯度法，md（默认），leap-frog做动力学，P79
nsteps = 10000      #步数上限
emtol  = 100.0      #能量极小化受力收敛标准
emstep = 0.01       #最陡下降法最大步长
;
nstxout   = 20      #trr轨迹文件写入的步数间隔
nstlog    = 50      #log能量，属性文件写入步数间隔
nstenergy = 50      #edr能量文件写入步数间隔
;
pbc = xyz                                   #周期性边界条件设定
cutoff-scheme            = Verlet           #邻居列表生成方式
coulombtype              = PME              #静电作用计算方式
rcoulomb                 = 0.9              #实空间中静电作用截断值
vdwtype                  = Cut-off          #范德华作用计算方式（Cut-off/PME） P80
rvdw                     = 0.9              #范德华作用距离
DispCorr                 = EnerPres         #范德华作用的长程校正
;
constraints              = none             #键的约束设定