Ubuntu 20.04 LTS安装图像配准ANTs源码全过程超详细（各种问题）

Ubuntu 20.04 LTS安装图像配准ANTs源码全过程超详细（各种问题）

本文所述为网上方法总结加实战体验的经验，基本为零基础向超详细
所述为在Ubuntu下安装ANTs源码的经验

①检查自己的source.list（位置一般在如下图），如果没有换过源，建议复制备份后换成清华源

P.S.清华源的寻找过程
https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/

找到ubuntu点击旁边的问号，复制选择合适版本的镜像源替代
②检查gcc是否安装，因为ANTs许多基于C语言编译完成，所以需要查看gcc --version
若没有安装，则选择sudo apt-get install gcc,安装完后还要注意sudo apt-get install build-essential都安装完成才可以（如果连apt-get都没有建议重装Ubuntu)，此时再重新查看version看是否变化。

③安装cmake有两种方式(下载解压或者直接安装）
a、cmake的下载位置

选择对应平台linux下的.sh或.tar.gz版本都可以

下载解压后放到自己的文件夹下，然后注意解压的时候若遇到permission denied，则注意修改压缩包的权限问题sudo chmod 777 文件名

tar zxvf cmake-3.15.1.tar.gz

或者

sh cmake-3.15.1.sh

b、

sudo apt install cmake

但是考虑ANTs需要使用交互界面所以都要执行下面的命令

sudo apt-get install cmake-curses-gui

此时若检查ccmake --version并不存在，那么需要去修改变量文件在profile中加入export=PATH$PATH:/home/lan/cmake/bin(注意查看你的cmake文件夹是不是叫cmake要换名字）

sudo chmod 777 /etc/profile
vi /etc/profile

打开vi编辑器按照上面的加入命令后：wq退出

source /etc/profile
ccmake

此时ccmake应该已经出现了使用方法简介

④ITK的安装
这一步先去下载ITK安装包

同样

chmod 777 InsightToolkit-5.1.2.tar.gz
tar zxvf InsightToolkit-5.1.2.tar.gz
mkdir ITK
cd ITK
ccmake ../InsightToolkit-5.1.2

此时来到交互页面选择c (configure),再选择g
注意此时可以OFF掉一些选项如BUILD_DOXYGEN, BUILD_EXAMPLES,BUILD_SHARED_LIBS,BUILD_TESTING，跑完之后ITK文件夹下应有lib文件夹
所以！！！
一定要vi profile 也把ITK的bin路径加入进去export=PATH$PATH:/路径/ITK/bin，格式按照刚刚cmake的办法，千万不要忘记，不然的话后面安装ANTs,就会出现需要clone git ITKv5的情况。

vi /etc/profile
source /etc/profile

⑤安装ZLIB

sudo apt-get install zlib1g-dev

也要记得安装不然就会出现找不到ZLIB的情况

⑥现在我们才正式开始安装ANTs

git clone https://github.com/stnava/ANTs.git

注意要是没办法git clone的话不能直接去github下载zip安装包，因为zip安装包直接解压后的文件，Ubuntu是不识别的，所以可以去找一些tar.gz安装包，或者换一个网站（这部分相关的很多）

mkdir antsbin #建立一个文件夹，后面运行ANTs中的东西
cd antsbin
ccmake ../ANTs
#出现交互式界面后按c，然后按g可能会闪退，没关系
make -j 4
#漫长的等待后查看是否生成bin文件在antsbin下面，如果没有就继续下面的操作,在antsbin文件夹下创建bin文件夹
mkdir bin
cp ./ANTS-build/Examples/* ./bin
cp ./staging/bin/* ./bin
cp .. /ANTS/Script/* ./bin
#复制完成之后，开始更改profile变量
vi /etc/profile
#写下export ANTSPATH=/your_path/antsbin/bin/
#和export PATH=PATH=${ANTSPATH}:$PATH
source /etc/profile  #启用profile

#更改线程和调试日志建立
make 2>&1 | tee build.log
make -j 2 2>&1 | tee build.log
cd ANTS-build
sudo make install 2>&1 | tee install.log
#检查步骤
which antsRegistration
antsRegistrationSyN.sh
#都能显示代表安装成功

开始交互式按C编译开始后可以将下面这些蚕食SuperBuild_ANTS_USE_GIT_PROTOCOL，BUILD_TESTING，RUN_LONG_TESTS,RUN_SHORT_TESTS设为off，只需要移到对应位置，按下enter键即可

到这里应该安装就完成了，安装大概耗时两个小时，涉及的细节点比较多，有问题可以留言