基于基因组获取对应的染色体名称及长度信息

最新推荐文章于 2024-04-15 11:32:27 发布
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本文介绍了在高通量测序分析中，利用sam文件和TBtools工具分别获取基因组对应染色体名称和长度的方法，展示了两种方法的实施步骤，并确认了结果的一致性。

摘要生成于 C知道 ，由 DeepSeek-R1 满血版支持， 前往体验 >

基于基因组获取对应的染色体名称及长度信息

方法一：基于测序的sam文件

我们在进行高通量测序分析的时候，比对后会获得sam文件。我认为大家基于“使用的参考基因组”来获取染色体名称和长度信息是最为准确的！

  • 展示.sam文件的前20行
head -n 20 H3K27me3_Col0_replicate_1_1_val.sam
  • SN：染色体名称
  • LN：染色体长度信息
    在这里插入图片描述
grep 'sn:' -i H3K27me3_Col0_replicate_1_1_val.sam
  • 单独展示染色体信息
    在这里插入图片描述

方法二：TBtools

  • 下载基因组fasta文件
    在这里插入图片描述- 进入TBtools
    在这里插入图片描述
  • 点击 Sequence Toolkit————Fasta Tools————Fasta Stats
    在这里插入图片描述
  • 导入基因组文件
    在这里插入图片描述
  • 生成.xls文件
    在这里插入图片描述
    我们综合以上可以发现，两种方法得到的染色体名称和长度信息是一致的！
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