fig, axs = plt.subplots(1, 2, figsize=(12,5),constrained_layout=True)
sc.pl.umap(adata, color="tech", title="tech umap", ax=axs[0], show=False)## 注意这个地方一定要show=False
sc.pl.umap(adata, color="BATCH", title="celltype", ax=axs[1], show=False)## 注意这个地方一定要show=False,否则只能显示一张图片
axs[0].set_xscale('linear')#x轴设置刻度
axs[0].set_yscale('linear')#y轴设置刻度
axs[1].set_xscale('linear')#x轴设置刻度
axs[1].set_yscale('linear')#y轴设置刻度
plt.show()
结果如下
普通的画图结果如下
example2(两个图)
import scanpy as sc
import matplotlib.pyplot as plt
fig, axs = plt.subplots(1, 2, figsize=(12,5),constrained_layout=True)
adata= sc.datasets.pbmc68k_reduced()
sc.pl.umap(adata, color="bulk_labels", title="bulk_labels", ax=axs[0], show=False)## 注意这个地方一定要show=False
sc.pl.umap(adata, color="louvain", title="louvain", ax=axs[1], show=False)## 注意这个地方一定要show=False,否则只能显示一张图片
axs[0].set_xscale('linear')#x轴设置刻度
axs[0].set_yscale('linear')#y轴设置刻度
axs[1].set_xscale('linear')#x轴设置刻度
axs[1].set_yscale('linear')#y轴设置刻度
plt.show()
结果如下
example3(一个图)
import scanpy as sc
import matplotlib.pyplot as plt
fig, axs = plt.subplots(1, 1)
adata= sc.datasets.pbmc68k_reduced()
sc.pl.umap(adata, color="bulk_labels", title="bulk_labels", ax=axs, show=False)## 注意这个地方一定要show=False
axs.set_xscale('linear')#x轴设置刻度
axs.set_yscale('linear')#y轴设置刻度
plt.show()