【听课笔记】复旦大学遗传学_07基因表达调控

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分类专栏：遗传学文章标签：学习

于 2022-08-08 18:14:55 首次发布

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七、基因表达调控

七、基因表达调控

7.1 基因表达调控概论

7.1.1 原核细胞基因表达调控的策略

以大肠杆菌为例
RNA 聚合酶
大肠杆菌 RNA 聚合酶：全酶，包括 6 个多肽，ααββ’ω ( 核心酶 ) + σ 因子 ( 负责识别待表达的基因序列，指导全酶在正确位置上组装，起始 DNA 的转录 )
启动子
■ 启动子 ( promoter ) 指的是和转录调控识别相关的特定 DNA 区域，它通常在基因转录起始位点的 5’上游。
■ 在大肠杆菌启动子的内部，-10 区和 -35 区是两个关键位点，负责与 σ 因子结合。
■ -10 区的保守序列为 TATAAT。-35 序列的保守序列为 TTGACA。间隔碱基的数目以及上游的碱基序列也较为保守。

大肠杆菌基因转录的基本过程

( 1 ) 转录起始后，大肠杆菌 RNA 聚合酶沿着 DNA 双螺旋移动，将双链打开，以其中一条链为模板，以碱基互补配对方式从 5’-3’形成 mRNA，形成一段 DNA-RNA 杂合链。
( 2 ) 随后 mRNA 与模板链分开，两条 DNA 链重新形成双螺旋，mRNA 单链释放出来。
( 3 ) σ 因子只与转录起始有关，RNA 链合成了 8-9 个碱基后，σ 因子就从全酶中释放出来，参与下一个转录识别，循环使用。
( 4 ) RNA 链的延伸由核心酶催化。
( 5 ) 转录终止有两种不同方式和相应的终止子：不依赖ρ因子的转录终止子，具备特定的 DNA 序列特征帮助 mRNA 从模板链解离；依赖ρ因子的转录终止子，是 RNA 结合蛋白，能在终止子位置上将 mRNA 从模板链解离出来。
在这里插入图片描述

σ 因子的类型
7 种 σ 因子负责在不同环境条件下，识别特定的序列，控制不同基因的转录表达。

大肠杆菌转录起始水平调控

乳糖操纵子：乳糖的异构物异乳糖能够与阻遏蛋白结合，使之无法与操纵基因结合，开启基因转录。
代谢抑制：没有葡萄糖，促进基因转录。
详见： 【听课笔记】复旦大学遗传学_03 基因与基因突变——2.1 基因是可调控的（操纵子）

大肠杆菌转录终止水平调控

大肠杆菌色氨酸基因的衰减作用 ( attenuation )
发现原因：在色氨酸阻遏蛋白编码基因 trpR 缺失突变体中，色氨酸存在时色氨酸操纵子的转录水平是没有色氨酸时的 1/10。也就是说，在丧失色氨酸操纵子调节作用的突变体中，大肠杆菌仍然能响应环境中色氨酸浓度的变化，改变基因的转录水平。
后来发现，执行这一调控作用的特殊基因序列，叫做衰减子 ( attenuator ) 。
在色氨酸操纵子第一个结构基因 trpE 上游、启动子下游有一段 162bp 的调控序列，负责编码色氨酸 mRNA 的引导序列，称为 TrpL 调节区，负责色氨酸操纵子的衰减调控。
衰减子序列：位于色氨酸操纵子的 114-141 位，符合转录终止子的结构特征，色氨酸操纵子下游结构基因的转录也会随之提前终止。
转录终止子的结构特征：即在一段富含 G/C 的回文序列下游连接了一串 A/T 碱基对。G/C 区的 mRNA 产物倾向形成发夹结构，导致结合其上的聚合酶构型改变，在下游的 A/T 位置终止转录。
TrpL 内部存在 4 段可以形成发夹结构的序列：Region 1-4。这 4 段序列有两种配对方式：12 配对、34 配对 ( 构成回文序列，转录提前终止 ) ；或 23 配对，1、4 保持单链。此外，TrpL 的 27-71 位还存在 14 个氨基酸的编码序列，内部有两个连续的色氨酸 Trp 密码子。
■ 当环境中缺乏色氨酸时，核糖体停止在 mRNA 链上，占据 1 区位置，因此 2 区和 3 区配对，转录终止信号无法形成，转录继续进行。
■ 当环境中有充足色氨酸时，核糖体不再占据 1 区的位置，3 区和 4 区配对，形成终止信号，从而抑制了下游基因的继续转录。
衰减作用是操纵子模型的重要补充，除了色氨酸操纵子，还有很多其他操纵子的转录也涉及到衰减作用的调控，且一定程度上，衰减作用的调控比操纵子更精细。
此外，在衰减作用中，tRNA 介导的翻译和 RNA 聚合酶介导的转录是同时进行的。原核生物转录和翻译相互藕联是衰减作用得以实现的重要前提。

7.1.2 真核细胞基因表达调控的层次

在这里插入图片描述

真核基因表达调控可以在 DNA 到蛋白质的每个层次中发挥作用。
可以根据基因表达调控的对象，将基因表达调控分为：DNA 水平、RNA 水平、蛋白质水平。
也可以根据转录和翻译的顺序分为：转录前、转录中、转录后、翻译前、翻译中、翻译后水平。

转录前调控层次

表观遗传因素调控：染色质结构、DNA 修饰
染色质结构：染色质的包装程度。如包装致密的染色体，转录效率低。
遗传因素调控：DNA 重排、DNA 多态

转录起始调控层次

转录起始前复合物参与的转录调控
转录起始前复合物包括 4 种基本组分：
( 1 ) RNA 聚合酶
( 2 ) DNA 调控序列：多以顺式作用发挥作用，包括：核心启动子序列、非核心 DNA 调控元件 ( 增强子、沉默子、绝缘子等 )
( 3 ) 转录因子：多以反式作用发挥作用，包括：普遍转录因子、特异转录因子
( 4 ) 共激活/共抑制因子：其他不与 DNA 直接结合的调控蛋白
前三种组分分别对应大肠杆菌的 RNA 聚合酶、启动子、σ因子，但真核基因的这些组分在种类和数量上都有了极大的提高，形成了更复杂更精密的基因表达调控。

转录后调控层次

mRNA 加帽
mRNA 加尾
mRNA 剪接
mRNA 编辑
mRNA 出核
mRNA 定位
mRNA 降解
翻译起始
蛋白质修饰
蛋白质定位
蛋白质降解

7.2 转录起始前复合物与基因表达调控

转录起始前复合物 ( PIC ) 包括 4 种基本组分：
( 1 ) RNA 聚合酶
( 2 ) DNA 调控序列：多以顺式作用发挥作用，包括：核心启动子序列、非核心 DNA 调控元件 ( 增强子、沉默子、绝缘子等 )
( 3 ) 转录因子：多以反式作用发挥作用，包括：普遍转录因子、特异转录因子
( 4 ) 共激活/共抑制因子：其他不与 DNA 直接结合的调控蛋白

7.2.1 RNA 聚合酶

细胞器：线粒体 RNA 聚合酶、叶绿体 RNA 聚合酶
细胞核：RNA 聚合酶Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ
RNA 聚合酶结构对比
原核细胞：5 亚基复合物 ( ααββ’ω )
真核细胞：十二亚基复合物 ( RBP1 ~ 12 )

7.2.2 DNA 调控序列

启动子、非核心启动子：位于转录起始位点附近，属于近端调控元件
增强子、沉默子、绝缘子：属于远端调控元件
启动子：具有高度保守性，有几种基本元件，但结构和位置不完全恒定。
① 约 30-40%蛋白质编码基因启动子 -30 区含有 TATA box，负责识别 TATA box 的蛋白质亚基叫做 TBP。
② BRE 位于 -35 区
③ INR 位于转录起始位点
④ DPE 位于 +30 区
一般 RNA 聚合酶识别Ⅱ的启动子需要至少含有以上两种保守元件。
非核心启动子：也称为启动子邻近元件 (promoter-proximal elements)，是位于转录起始位点上游 -100 至 -200bp 区域的 DNA 元件。通常与转录因子结合后负责基因的广谱转录。
常见的非核心启动子元件：
① GC box：也称 SP1 box，保守基序为 GGGCGG
② CCAAT box：保守基序为 GGCCAATCT

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