Gromacs2024.2 与Plumed2.9.2安装配置教程

必看：需要先安装plumed，在对应版本的官网确定应该选择哪一个版本的Gromacs

我的环境：slurm集群

Currently Loaded Modules:
  1) gnu/12.2.0             4) mkl/2023.0.0   7) libfabric/1.13.0  10) amber/amber22
  2) tbb/2021.8.0           5) hwloc/2.7.0    8) openmpi/4.1.1
  3) compiler-rt/2023.0.0   6) ucx/1.11.2     9) cuda/12.0

黄色背景是我们本次所需要的工具

是支持mpi+cuda滴！

        首先可以通过wget从gromacs下载压缩包到服务器并解压。（plumed好像不能通过wget，那么就手动下载再上传）

        获得压缩包并解压，先进入plumed目录。先安装plumed再安装gromacs～～

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~/.bashrc文件：加载需要的module，环境的配置。

可以只修改PLUMEDDIR、GMXDIR后面的路径，把这两个变量修改成你自己对应的路径即可。当然前提是集群上有mpi和cuda模块可以加载，否则还需要自己先下载。

module load gnu/12.2.0
module load mkl/2023.0.0
module load openmpi/4.1.1
module load cuda/12.0
module load amber/amber22

export CC=mpicc
export CXX=mpicxx
export LD_LIBRARY_PATH="$CONDA_PREFIX/lib:$LD_LIBRARY_PATH"
export LD_LIBRARY_PATH=/opt/ohpc/pub/mpi/ucx-ohpc/1.11.2/lib:$LD_LIBRARY_PATH

# plumed2.9.2 其中PLUMEDDIR是plumed自定义的安装路径
export PLUMEDDIR=/home/jygu/soft/plumed290
export PATH=$PATH:$PLUMEDDIR
export PATH=$PATH:$PLUMEDDIR/bin
export PATH=$PATH:$PLUMEDDIR/include
export PATH=$PATH:$PLUMEDDIR/lib
export PATH=$PATH:$PLUMEDDIR/lib/pkgconfig
export PLUMED_KERNEL=$PLUMEDDIR/lib/libplumedKernel.so
export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:$PLUMEDDIR/lib

#gromacs2024.2版本，目录名写错了懒得改，GMXDIR是gromacs自定义安装路径
export GMXDIR=/home/jygu/soft/gromacs202305
export PATH=$PATH:$GMXDIR/bin
source $GMXDIR/bin/GMXRC

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Plumed2.9.2 安装步骤

./configure --enable-mpi --prefix=$PLUMEDDIR

make

make install

#检查plumed是否安装成功

plumed --help 

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Gromacs2024.2安装步骤

1、cd gromacs-2024.2/                              #打补丁

plumed patch -p

选择plumed对应的gromacs版本 ，这里我选择（5 gromacs2024.2

2、创建build目录并进入

• mkdir build
• cd build

3、cmake编译

cmake .. -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=$GMXDIR -DCMAKE_C_COMPILER=mpicc -DCMAKE_CXX_COMPILER=mpicxx -DGMX_OPENMP=ON  -DGMX_FFT_LIBRARY=mkl -DGMX_MPI=on -DGMX_GPU=CUDA

搭建了支持CUDA的gpu加速、支持mpi的CPU加速的gmx2024～～咱们这里集群上有mkl，所以不选择fftw～

4、编译安装

• make
• make check
• make install

检查：

显示出gmx_mpi的版本号即为成功～～撒花～～