KEGG更新后富集分析的问题，包括下载包以及enrichKEGG和可视化

生信小白77

已于 2023-03-23 17:41:42 修改

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分类专栏： KEGG 富集分析文章标签： r语言 Powered by 金山文档

于 2023-03-23 17:29:04 首次发布

本文链接：https://blog.csdn.net/qq_47218485/article/details/129730901

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富集分析

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运行以下代码出现报错，探究原因：

enrichKK <- enrichKEGG(gene = gene_up,
                       keyType = 'kegg',
                       organism = 'hsa',
                       pvalueCutoff = 0.2,
                       qvalueCutoff =0.2,
                       use_internal_data = TRUE)
barplot(enrichKK, x = 'GeneRatio', color = 'p.adjust', #默认参数
        showCategory =10) #只显示前10

出现以下报错：

Error in ans[ypos] <- rep(yes, length.out = len)[ypos] : 
  replacement has length zero
In addition: Warning message:
In rep(yes, length.out = len) : 'x' is NULL so the result will be NULL

进行解决，查到第一个解决方法是把阈值降低，即将

pvalueCutoff = 0.01,qvalueCutoff = 0.05,

修改为：

pvalueCutoff = 0.2,qvalueCutoff = 0.2,

但是依旧有以上报错，不断尝试网上的方法依然有问题，发现还是clusterProfiler包的问题，昨天在进行clusterProfiler做KEGG富集分析时出现了错误，昨天发现是KEGG数据库的API更新了，在使用了很多大牛的方法，比如说Y叔的，但是还是报错，依旧显示

--> No gene can be mapped....
--> Expected input gene ID:
--> return NULL...

我的代码为：

enrichKK <- enrichKEGG(gene = gene_up,
                       keyType = 'kegg',
                       organism = 'hsa',
                       pvalueCutoff = 0.05,
                       qvalueCutoff = 0.05)

甚至在安装clusterProfiler包的时候不断出现问题，无论是使用github访问

devtools::install_github("YuLab-SMU/DOSE")
devtools::install_github("YuLab-SMU/HDO.db")   
devtools::install_github('YuLab-SMU/clusterProfiler')

还是下载clusterProfiler最新版然后安装，重启R后加载新包

install.packages('~/Downloads/clusterProfiler_4.6.1.tgz',repos = NULL, type="source")
install.packages('~/Downloads/DOSE_3.24.2.tgz',repos = NULL,type = 'source')
install.packages('~/Downloads/GOSemSim_2.24.0.tgz',repos = NULL,type = 'source')
install.packages('~/Downloads/HDO.db_0.99.1.tar.gz',repos = NULL,type = 'source')

都会显示问题，最后无奈去Bioconductor下载压缩包，手动导入前三个包，再在github上下载最新的clusterProfiler压缩包或者网络好的情况下

devtools::install_github('YuLab-SMU/clusterProfiler')

终于将clusterProfiler包下载到R中

需要注意的是一共需要下载四个包，顺序为：GOSemSim DOSE HDO.db clusterProfiler

虽然包下载成功，但是在运行enrichKEGG代码时，又会出现上方的错误。

继续进行检索，在参考了一篇CSDN的文章(23条消息) 使用R语言包clusterProfiler做KEGG富集分析时出现的错误及解决方法_HJ_Tan的博客-CSDN博客后。发现似乎解决了问题，即把“~/KEGG.db_1.0.tar.gz”手动安装，最后成为KEGG.db包，再使用library导入后

enrichKK <- enrichKEGG(gene = gene_up,
                       keyType = 'kegg',
                       organism = 'hsa',
                       pvalueCutoff = 0.05,
                       qvalueCutoff = 0.05,
                       use_internal_data = T)

昨天在运行完这些步骤后，enrichKEGG似乎可以生成结果了，但是在运行绘制dotplot，barplot的程序时又出现了开头的问题，真的要癫狂了！！！

又要从头再来解决clusterProfiler包的问题，因为我的同门之前在KEGG更新后同样是重装了包，她就可以直接运行了，难道是电脑的问题，真的怀疑人生了。

在安装clusterProfiler包时，要注意不要将R版本更新到4.2.3，直接使用4.2.2版本即可

在手动导入DOSE包时，又出现了新的问题：

Error in loadNamespace(i, c(lib.loc, .libPaths()), versionCheck = vI[[i]]) : 
  namespace 'rlang' 1.0.6 is already loaded, but >= 1.1.0 is required

又去更新rlang包，重启R之后再导入rlang压缩包

注意：如果在导入某个r包时，不显示xxx保存的状态不是0时，出现其他的错误，重启R可能会安装成功

然后重新按照之前的步骤将每个包安装，终于解决了问题：

注意：不要将“~/KEGG.db_1.0.tar.gz”手动安装，而且在代码中要将use_internal_data = T

enrichKK <- enrichKEGG(gene = gene_up,
                       keyType = 'kegg',
                       organism = 'hsa',
                       pvalueCutoff = 0.05,
                       qvalueCutoff = 0.05,
                       use_internal_data = T)

可喜可贺！终于在历时两天将问题解决，希望大家都可以把问题成功解决